（名數）一、名言種子，為現行一切善惡諸法親因之種子。善種子生善法，惡種子生惡法，無記種子生而無記法，乃至由色種生色法，由心種生心法等，依附於第八阿賴耶識則而為一切諸法之親因者是也。名之為名言者，或自發名言，而詮顯色心之諸法，於自心之前，反現彼諸法之相分，而熏彼諸法種子於阿賴耶識，或聞他之名言所詮色心之法，於自心之目前反現其相分，以熏彼種子於本識。蓋以名言為介成此種子之新熏，故謂之名言種子（是表義名言之義）。又，名言種子者，不特介能詮之言語而熏習之，凡一切之心心所，緣諸境時，亦反現其諸境之相分於心前，以熏其種子於本識也。如此依心心所緣境而熏成其種子者，亦名名言種子。名之為名言者，以心心所緣境時，能緣之心，了顯所對之境，恰如名言詮顯諸法之體義也，因是又名之為顯境名言。此中第一種之表義名言，限於第六識，以名言緣名言，唯為第六識相應之尋伺力也，第二種之顯境，通於於七識以了所緣之境而熏種子，通於一切之心心所也。但第八識為所熏處，自無能熏之用。二、業種子，為第六識相應之思心所，作善惡之業，熏習第八識之種子。業者，造作之義，造作善惡所熏，善惡之種子也，此思心所之種子，有二功能，一為自生思心所之功能，名言種子也，二為助他羸劣無記之種子，使生現行之功能，此名為業種子，蓋生自果者，非為業種，助他果使生之功能，乃名為業種子也。其助他果之法，第八識為三性中極劣無記之識體，故能生之名言種子，亦為羸劣無記之種子，自無生果之力用，然依第六識相應之思心所造作五戒十善等善事之力，使彼第八識無記之種子，決定可生於當來善趣之功能，為彼之業力所助，自生善起之無記之果也。故名言種子通於八識，且通於三性，業種子局於第六識之思心所，且局於善惡之二性，以無記羸劣，無助他之功能也，又思心所，兼名言業種之二能，他之心心所法，惟有名言種子之功能而已。見唯識論八，百法問答鈔三。
（術語）對於顯境名言而言。名句文也。名句文諸詮表義理，故名為名言。
（術語）顯境名言種子之對。謂名言種子中，由自他之名言，顯色心諸法之體，於心前變現其相分，而薰習其種子於第八識之自體者也。即自一切諸法之語言音聲等名言傳而薰習之種子也。
指名言、我執、有支三種。又作三種熏習、三熏習。由現行氣分熏習所成，稱為習氣。即：(一)名言習氣，乃依名言熏習所成有為法之各別親因緣種子。復分為二：(1)表義名言，能詮釋義理之音聲差別。(2)顯境名言，能了別境界之心、心所法。(二)我執習氣，由我執熏習而成，令有情等起自他差別之種子。復分為二：(1)俱生我執，通於六、七二識，除二乘之無學、八地以上之菩薩、如來以外，餘皆有此熏習。(2)分別我執，唯限於第六識，係於異生之資糧位所生起者。(三)有支習氣，乃依有支熏習所成，異熟果成為善惡差別之業種。復分為二：(1)有漏善，能招可愛果報之業者。(2)諸不善，能招非愛果報之業者。有支習氣，即以與第六識之思相應之善惡為增上緣，而助長異熟無記之名言種子，令生當來之果。名言種子為第六識之思種子，有詮顯自義、了別境界之功能；依之，熏習自身五蘊之種子，而為自他差別之理由，生成我執習氣，互為循環，以成有漏、有為、自他、善惡等諸法。〔解深密經卷三、成唯識論卷八、唐譯攝大乘論釋卷三、卷四、成唯識論述記卷八本〕（參閱「習氣」4771） p658
又作名言習氣、名言薰習、等流習氣。略稱名言種。三種習氣之一。即指由名言（指名字與言說）所薰成之種子。為「業種子」之對稱。亦即將名言薰習於阿賴耶識中，而形成引生自類各別之法的親因緣種子。
據梁譯攝大乘論釋卷四載，眼根、耳根等有為法皆由言說薰習而生；言說以「名」為體，「名」又分為言說名與思惟名二種；此二種「名」皆以音聲為本，即以音聲呼召諸法之名者，稱為言說名，而後心緣上述之音聲加以分別者，稱為思惟名。第六意識即隨此名言而變似諸法，並數習之而薰附於第八阿賴耶識中，以薰成其自類各別之法的親因緣種子，此種子因係由名言薰習而成，故稱名言種子。
另據成唯識論卷八，將名言分為表義名言、顯境名言二種：(一)表義名言，即指能詮義之音聲，亦即指詮解諸法之名、句、文等，第六意識緣之，隨其名言變似諸法，而薰成種子。(二)顯境名言，即指能了境之心、心所法，亦即指前七識之見分等心，此等心之體雖非名言，然以其能顯所了之境，故亦稱為名言。若隨此二名言所薰成之種子，即稱為名言種子。總之，唯識宗認為，名言種子係由七轉識中之善、惡、無記三性薰習而成，恆常引生自類之果而相續不盡；亦即為引生八識、三性之體相差別者。
此外，據成唯識論述記卷二末載，由名言所薰之種子，能引生同性種子之等同流類之結果，故又稱等流習氣、名言習氣。此名言習氣與我執習氣、有支習氣，合稱為三種習氣、三習氣。〔梁譯攝大乘論釋卷五、三無性論卷上、顯識論、攝大乘論疏卷五、成唯識論述記卷三本、卷八本〕（參閱「三種習氣」658、「等流習氣」5172）p2258
為「顯境名言」之對稱。指能表詮義理之名目、文句、言說等。成唯識論卷八（大三一‧四三中）：「表義名言，即能詮義，音聲差別。」（參閱「名言」2257、「名言種子」2258） p3515
為「顯境名言種子」之對稱。指由能表詮義理之名目、文句、言說等名言所薰習之種子。亦即自一切諸法之語言、音聲等所薰習之種子。名言種子中，顯色、心諸法之體，於心前變現其形相，而於第八識所薰習者，即表義名言種子。〔成唯識論述記卷八本〕 p3515
梵語 vāsanā，巴利語同。又作煩惱習、餘習、殘氣。略稱習。由於吾人之思想及行為（尤以煩惱）經常生起，其熏習於吾人心中之習慣、氣分、習性、餘習、殘氣等，稱為習氣。如由納香之篋中取出香，篋內猶存香氣；用以比喻雖滅除煩惱之正體（稱為正使），尚存習慣氣分。佛典中所記載，如難陀之淫習、舍利弗及摩訶迦葉之瞋習、卑陵伽婆跋之慢習、摩頭婆私吒之跳戲習、憍梵提之牛業習等，均為習氣之例；唯有佛乃能永斷正使及其習氣。
唯識宗以習氣為種子之異名，乃現行熏習之氣分，具有產生思想、行為及其他一切有為法之能力，含藏於阿賴耶識中。又將習氣分為三種，稱為三種習氣、三種熏習，即：(一)名言習氣，指依名言（言語之表象）而熏成之種子（即名言種子），係使一切有為法各自產生之直接原因。亦即由名相概念熏於阿賴耶識形成之種子；此類種子反轉過來即成為現實各種事物之原因。若就引生等流果（與因同種類之果）之觀點而言，名言習氣又稱為等流習氣。其中又可分依表義名言（以音聲表義）與顯境名言（緣慮對境之心、心所）而產生之二種習氣。(二)我執習氣，乃依我執而熏成之習氣。亦即由吾人之「我見」熏習阿賴耶識而成之種子；此類種子即是吾人於現實生活中分別你、我及其他種種差別之原因。(三)有支習氣，由有支（梵 bhavāvga），即三有（於三界之生存）之因（支即因之意）所熏成之善惡業種子。亦即吾人自身所作善惡諸業熏於阿賴耶識而成之種子；此類種子即是後世獲得各種不同果報之原因。若就其招感異熟果（果報）之觀點而言，有支習氣又稱為異熟習氣。
此外，諸善根積習之氣分，亦稱習氣。如舊華嚴經卷四十離世間品所載，第十地之菩薩有菩提心習氣（又稱本氣）、善根習氣（成行氣）、教化眾生習氣（下化）、見佛習氣（上見）、於清淨土受生習氣（受生）、菩薩行習氣（大行）、大願習氣（十願）、波羅蜜習氣（十度）、出生平等法習氣（理智）、種種分別境界習氣（量知）等，凡十種，皆由厭伏煩惱之故，於諸行積累熏習氣分，方能究竟斷伏煩惱，稱為習氣。除上記之外，另有等流習氣與異熟習氣，或名言種子與業種子等之分別。〔大智度論卷二十七、瑜伽師地論卷五十二、成唯識論卷八、十地經論卷十一、俱舍論光記卷一、大乘義章卷五本、華嚴經疏卷五十三〕（參閱「種子」5863） p4771
梵語 bīja，巴利語同。(一)如同穀類等之由其種子所生，色法（物質）與心法（精神）等一切現象亦有其產生之因種，稱為種子。穀類之種子稱為外種；對外之種子而言，唯識宗將種子攝於阿賴耶識中，稱為內種。內種子係指其生果功能而言（生果作用），乃為現行諸法（現在所顯現之諸現象）薰習於阿賴耶識中而形成一特殊之習性者，故又稱習氣或餘習。
種子之說，原為一種譬喻，最早見於雜阿含經。部派佛教中之化地部亦謂，於「窮生死蘊」之識中，常藏有色法與心法之種子；對此，經量部認為色法與心法互為種子而具有薰他之性質，故主張「色心互薰」之說。於瑜伽師地論中，立阿賴耶識為「種子識」，並謂此識能生色、心、善、惡等一切諸法，而藏有一切種子。
「種子」一詞，其後成為大乘唯識學重要術語之一。據成唯識論卷二之說，於阿賴耶識中，能同時生起七轉諸法現行之果，又具有令自類之種子前後相續不斷之功能；即能生一切有漏、無漏、有為等諸法之功能者，皆稱為種子。如同植物之種子，具有產生一切現象之可能性。種子藏於阿賴耶識中，前者（種子）為因、作用，後者（阿賴耶識）為果、本體。然種子自身並非一客體，而係一純粹之精神作用。
自類別而言，種子可分兩種：(一)能產生諸現象（眾生之迷界）者，稱為有漏種子。(二)能生菩提之因者，稱為無漏種子。有漏種子復可分為二類：(1)能產生與種子同種類之現象者，稱為名言種子、等流種子、等流習氣。(2)可幫助名言種子，以善惡業而產生異熟作用者（即具有產生當來有漏果之功能），稱為業種子、異熟種子、有支習氣、異熟習氣。上述之中，名言種子係一切諸法之「親因緣」種子，乃以名言為緣所薰成之種子，又分成表義名言與顯境名言兩種。表義名言種子，指於名言（名、句、文等）中詮表諸法之義者；第六識即緣此名言，隨其語言音聲而變現一切諸法之相狀，由之所薰成之種子。顯境名言種子，指緣前七識之見分（認識諸法相狀之作用）為境，隨緣所薰成之種子。若就現行所受用之情形而言，名言種子又有共相與不共相二種名言種子。共相名言種子，如日月、星辰、山河、大地等，舉凡可供自他共同受用者，是為共相；能生起此類共相境界之種子，皆稱為共相名言種子。自相名言種子，例如各人之身體，僅能供一己受用；能變現此等自相之種子，稱為自相名言種子。又就作用而言，共相與不共相之名言種子均由共業與不共業之業種子為之資助，始能招感其相，即共業種子資助共相種子，始能招感共相；不共業種子資助不共相種子，始能招感不共相。準此可知，大乘唯識之宗義，乃謂無論依報、正報等一切萬法皆由種子所變現者。
另據成唯識論卷二、梁譯攝大乘論釋卷二之說，種子具有六項條件，稱為種子六義，即：(一)剎那滅，由於無常而有生滅之變化。(二)果俱有，果者，識與根。識與根同時俱起，互不相離。(三)恆隨轉，識起時，種子亦隨而轉動，無有間隔。(四)性決定，諸識所緣之善、惡等性，必有因果，而無有間雜，譬如眼識緣惡境則成惡法而不能成善法。(五)待眾緣，識非為一因而生，必藉外緣方能產生現行。(六)引自果，色（物質）與心各自引生自果，色法由色法之種子所生，心法由心法之種子所生，並非交互而成者。
至於種子生起之情形，依歷來各種主張，可歸納為三說：(一)本有說，護月之主張，稱為「本有家」。(二)新薰說，難陀、勝軍之主張，稱為「新薰家」。(三)新舊合生說，護法之主張，稱為「新舊合生家」。唯識宗係以第三說為正說，即認為種子有二類：(一)本有種子，即自無始以來，先天存在於阿賴耶識中之種子，又稱本性住種。(二)新薰種子，即由後天現行諸法所薰習成之種子，又稱習所成種。諸法之發生，除初入「見道」剎那之無漏智，僅從本有無漏種子生起外，其餘一切法無不由本有、新薰二類種子和合而生。蓋唯識宗對於由「種子」變現成「諸法」之關係，最重要者即為：由「三法」所構成的「二重」因果說。所謂三法，即指「能生之種子」（本有種子）、「所生之現行」、「所薰之新種」（新薰種子）；所謂二重因果，即指「種子生現行」、「現行薰因種子」。此三法同時輾轉互成二重之果，即一種子既為同一剎那間之「現行之因」，亦為後一剎那之「種子之果」，故又可稱為「種子生種子」。當色、心之諸緣和合時，阿賴耶識所持之種子必令當前之外界產生某種現象，此即「生起現行」；於同一剎那，其現行之法必隨所應而薰種子，此即現行薰種子。就八識而論之，則第八識所持之種子為因，生起眼等之七轉識；同一剎那，七轉識之現行法亦為因，而生起第八識之種子，故有所謂「七轉、八識，互為因果」之說。
此外，唯識宗之另一宗義「五姓各別」說，乃依據本有無漏種之種別及其有無等問題而建立者，即主張一切有情眾生自本有以來即具有聲聞種姓、獨覺種姓、如來種姓、不定種姓、無性有情等五種不同之類型，各有所別，而不可轉變改易；此一主張相對於一乘家「眾生悉有佛性」之說。〔解深密經卷二、俱舍論卷四、卷五、瑜伽師地論卷五、卷五十一、卷五十二、顯識論、顯揚聖教論卷十七、成唯識論述記卷七末、瑜伽論記卷十三上、卷十三下〕
(二)密教中，表示佛、菩薩等諸尊所說真言之梵字。乃真言行者修字輪觀時所觀照者。又作種字、種子字。所以稱種子者，乃因其具有「自一字可生多字，多字復可賅攝於一字」之意。故知「種子」一詞，含有引生、攝持之義。例如合十字為一句，若以第一字為種子，則可依之引生下面九字所具有之觀智，同時此九字之意義亦可攝入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能於一字專注行觀，修諸行願，即能於一切行願皆得圓滿。
一般而言，種子具有三義，即：(一)了因義，譬如由煙而識火之體性；經由觀種子之字門，即可了知佛智。(二)生因義，譬如由穀類等之種子可生出根莖花果等；由種子可生三昧耶形。(三)本有義，意謂字門即諸法之根源，具足本來之性德，而可作為軌範者。以具足上述三義，故密教諸尊多以之為表徵。
諸尊之種子，就來源而言，有下列數種：(一)較常見者，多採取真言之第一字，例如胎藏界大日如來之種子為 ，月天之種子為 ，水天之種子為 。(二)以真言之中字為種子者，如地藏之種子 。(三)亦有採用真言之終字為種子者，如金剛界大日如來之種子 ，釋迦之種子 。(四)取梵號以為種子者，如文殊之種子 ，藥師之種子 。(五)取自與本誓相應之用語，如聖觀音之種子 ，係取自 samantamukha（普門）一語。(六)真言與梵號並取者，如阿彌陀佛之種子 。
除一尊各別之種子外，另有共通於此類諸尊之種子，稱為通種子，例如金剛界五部，各以其主尊（大日、阿閦、寶生、彌陀、不空成就）之種子為其各部之通種子。又種子並不限於諸尊所用，一切法門悉得建立種子，如五大各有其種子：地之種子為 （阿字門），水為 （縛字門），火為 （囉字門），風為 （訶字門），空為 （佉字門）。此外，書寫種子之曼荼羅，稱為種子曼荼羅；以種子觀行，則稱種子觀。歷來有將密教經軌中諸尊之種子輯錄成諸尊種子真言集、種子集等。〔仁王經道場念誦儀軌卷下、大日經疏卷一、卷六、卷十、卷十四〕 p5863
法相宗用語。指由名言所熏成的種子。又稱名言習氣、名言熏習、等流習氣，或略稱為名言種。業種子的對稱。即藉由名言（名字與言說）而被熏習於阿賴耶識中，成為親因緣而引生自類各別之法的種子。
陳譯《攝大乘論釋》卷四云（大正31‧178b）︰
「由言說熏習差別者，唯一本識由熏習差別，故有三種。言說以名為體。名有二種，謂言說名、思惟名。此二種名以音聲為本，約能見，色根有聲，說謂眼。數習此言說，於中起愛，熏習本識，此熏習是眼根生因。若果報眼根應生，從此本識中言說愛熏習生。是故立言說熏習為眼根因。」
此中，以音聲呼召諸法之名，稱為「言說名」；後以心緣彼音聲而加以分別，是為「思惟名」。即謂眼等有為法皆有名言，第六意識隨其名言而變似彼法，數數修習，將之熏附於阿賴耶識中，後為眼等自類之法的親因緣，令彼生起者，稱為名言種子。
唯識家亦以此名言種子為引生一切諸法的親因緣種子，然將名言分別為表義、顯境二種。(1)表義名言，指能詮義之音聲，亦即指詮解諸法的名、句、文，唯第六識能緣之，且隨其名言變似五蘊三性法等，而熏成種子。(2)顯境名言，指能了境之心、心所法，亦即指前七識之見分等心。此見分等實非名言，但如言說之名顯所詮之法。此心、心所能顯所了之境，故亦稱為名言。隨此二名言而熏成的種子，即稱名言種子。
總而言之，名言種子即等流習氣，由七轉識中的善、惡、無記等三性所熏成。恆一類相續而生自類之果無盡，令引生八識三性之體相差別。此名言習氣，與我執習氣、有支習氣合稱為三種習氣。
〔參考資料〕 陳譯《攝大乘論釋》卷五；《三無性論》卷上；《顯識論》；《攝大乘論疏》卷五；《成唯識論述記》卷三（本）、卷八（本）。
又作煩惱習、餘習、殘氣。略稱習。此詞在佛典中有數種不同的用法。《大智度論》卷二十七云（大正25‧260c）︰
「煩惱習者名煩惱殘氣，若身業、口業不隨智慧，似從煩惱起，不知他心者，見其所起，生不淨心；是非實煩惱，久習煩惱，故起如是業，譬如久鎖腳人，卒得解脫，行時雖無有鎖，猶有習在。如乳母衣久，故垢著，雖以淳灰淨院，雖無有垢，垢氣猶在；衣如聖人心，垢如諸煩惱，雖以智慧水浣，煩惱垢氣猶在。如是諸餘賢聖，雖能斷煩惱，不能斷習。如難陀淫欲習故，雖得阿羅漢道，於男女大眾中坐，眼先視女眾，而與言語說法。」
此謂煩惱正使雖斷，而餘習尚殘留者，名為習氣。佛典中所記載，如難陀之淫習，舍利弗及摩訶迦葉之瞋習，卑陵伽婆跋之慢習，摩頭婆私吒之跳戲習，憍梵鉢提之牛業習等即是。此中，能永斷正使及習氣者，唯佛而已。
《俱舍論光記》卷一以不染污無知為習氣。關於不染污無知與習氣的異同，《順正理論》卷二十八有二說，《俱舍論光記》卷一解之云（大正41‧5b）︰「正理意說，不染無知劣慧為體，無知狹，習氣寬。然解習氣，二解不同。一解︰劣慧俱生心、心所法，總名習氣。一解︰習氣不但通心、心所法，亦通相續身。」《大乘義章》卷五（本）等，單以煩惱餘習，名為習氣。
唯識家依現行熏種子之義，以習氣為種子之異名，含藏於阿賴耶識中。並謂習氣有等流、異熟之別。等流習氣者，係引起與自性等同流類之法的種子，即善等三性各生等流果的親因緣。依七識之顯境名言及第六識的表義名言所熏成，故又稱名言種子。異熟習氣者，係使異類果成熟的種子，即善惡種子扶無記性的習氣，使其能生無記果的疏因緣。此係前六識中有漏之善惡業所熏生的種子，故又名業種子。
又，在異熟習氣中，由修所斷俱生的我執與見所斷分別的我執所熏成，能令有情產生自他差別者，名為我執習氣；由能招可愛果的有漏善業與能招非愛之果的不善業等二有支所熏成，扶異熟無記之名言種而生當來果者，名為有支習氣。故總有三種習氣。
舊譯《華嚴經》卷四十〈離世間品〉，謂第十地菩薩有十種習氣，即菩提心習氣（又名本氣）、善根習氣（成行氣）、教化眾生習氣（下化）、見佛習氣（上見）、於清淨土受生習氣（受生）、菩薩行習氣（大行）、大願習氣（十願）、波羅蜜習氣（十度）、出生平等法習氣（理智）、種種分別境界習氣（量知）。此之習氣異於前說之煩惱等習氣，以積習諸善根的氣分為習氣。《華嚴經疏》卷五十三云（大正35‧899b）︰「今初由此地厭伏煩惱故，於諸行積集熏成氣分，方能究竟斷伏煩惱，故名習氣。」
◎附︰印順《唯識學探源》下編第三章第二節（摘錄）
習氣、熏習、習地（即住地），在大乘教學上廣泛的應用著。瑜伽派雖還保存煩惱氣分的習氣，但它繼承經部的思想，已把熏習應用到一切法上。從釋尊本教上看，習氣就是煩惱的氣分，此外好像沒有什麼習氣。習氣的有無，是佛與二乘斷障的差別，像《大智度論》卷二說︰
「阿羅漢、辟支佛，雖破三毒，氣分不盡。譬如香在器中，香雖去，餘氣故在。又如草木薪火燒，煙出炭灰不盡，火力薄故。佛三毒永盡無餘，譬如劫盡火燒，須彌山、一切地都盡，無煙無炭。如舍利弗瞋恚餘習、難陀淫欲餘習、畢陵伽婆蹉慢餘習。譬如人被鎖，初脫時行猶不便。」
佛是煩惱、習氣都盡了的，聲聞、獨覺還剩有餘習。這煩惱氣分的餘習，就是無始以來一切煩惱的慣習性。煩惱雖已斷卻，但習氣還在身體、言語、意識上不自覺的流露出來。像舍利弗的「心堅」、畢陵伽婆蹉的喊人「小婢」。它雖是煩惱氣分，但並不是偏於心理的。習氣的體性，可以暫且勿論，重要的問題，是小乘有沒有斷習氣。大天的羅漢「為餘所誘」、「猶有無知」、「亦有猶豫」，都是習氣之一。大眾系等主張羅漢有無知、有猶疑，薩婆多部等主張「雖斷而猶現行」，這在部派分裂上，是一個著名的諍論。據有部（《大毗婆沙論》卷九十九）的傳說︰大天不正思惟，在夢裏遺了精，說是天魔的嬈亂。他給弟子們授記，說他們是羅漢。弟子們自覺沒有自證智，還有疑惑，大天卻說這是「不染無知」、「處非處疑」。據真諦記的解說︰這都有真有假︰羅漢確乎可以受天魔的嬈亂，確乎有不染無知與處非處疑。但大天和弟子，都不是羅漢，所以是假的。他們對初事的見解是同的，後二事就有很大的出入。真諦怪他的弟子不是羅漢，這也不致引起教理上的糾紛。《婆沙》說他毀謗羅漢沒有自證智，還有疑惑。聖者證果而沒有自覺與證信，在後代佛教思想上，沒有這種痕迹。居於大眾系領導地位的大天，也不致那樣荒唐。事實上，這是「不染無知」、「處非處疑」，阿羅漢有沒有斷的諍論。
羅漢有無知、有疑惑，這是指出了羅漢功德上的缺點。在以羅漢為究竟的上座面前，簡直等於誣辱，這才引起了嚴重的糾紛，促成部派的分裂；大天也被反對者描寫成惡魔。大天的呼聲，震醒了全體佛教界，獲得了新的認識，從狹隘的羅漢中心論裏解放出來。羅漢的無知未斷，還有它要做的事，才回小向大。大乘不共境、行、果的新天地，都在羅漢不斷餘習的光明下發現。
大天的「不淨漏失」、「不染無知」、「處非處疑」，本來都是習氣。但有部特別擴大了不染無知，使它與習氣有同樣的意義。在《大毗婆沙論》卷十六所說的習氣，卷九所說的不染污邪智，也在說佛陀畢竟永斷，聲聞、獨覺還有現行。《順正理論》卷二十八，對不染無知，提出兩個大同小異的解說︰(1)不染污無知，是「於彼味等境中，數習於解無堪能智，此所引劣智，名不染污無知。即此俱生心心所法，總名習氣」。這是說習氣是有漏劣慧與它俱生的心心所法。(2)是「所有無染心及相續，由諸煩惱間雜所熏，有能順生煩惱氣分；故諸無染心及眷屬，似彼行相而生」。這是說習氣是有漏劣智和同時的身心相續。依《順正理論》主的見解，煩惱引起不染無知，是非常複雜的。一切聖者，雖都已經斷盡，但有行與不行的差別。如解脫障體，也是下無知，慧解脫羅漢還要現行。像《順正理論》卷七十說︰
「何等名為解脫障體﹖諸阿羅漢心已解脫，而更求解脫，為解脫彼障。謂於所障諸解脫中，有劣無知無覆無記性，能障解脫，是解脫障體。於彼彼界得離染時，雖已無餘斷而起解脫，彼不行時，方名解脫彼。」
又像學、無學的練根，也是為了「遮遣見修所斷惑力所引發無覆無記無知現行」。可知退法等五種種性，雖是無學，也還有不染無知現前。眾賢一貫的意見，斷是斷了，行或者還要行。不過習氣與不染無知，有部的古師，也有主張不斷的，像《大毗婆沙論》卷十六說︰「有餘師說︰阿羅漢等亦現行癡，不染無知猶未斷故。」
這明顯的說不染無知不斷，所以有現行的愚癡，與「雖斷而猶現行」的意見，截然不同。
檢討唯識學的種子思想，為什麼要談到習氣與不染無知呢﹖(1)習氣在一分唯識學裏，被看為與種子共同的東西，那末習氣的本義，也是需要認識的。(2)在大乘教學裏，習氣與隨眠漸漸的融合起來。從隨眠的心不相應，走上習氣（習地）的心不相應。習煩惱與起煩惱，有的等於隨眠與纏，有的等於煩惱與習氣。而小乘有沒有斷習，也就成了可討論的問題。(3)心性本淨，無始以來習氣所染，成了唯識學上普遍而極根本的問題。習氣已替代隨眠成為客塵的本質。這樣，唯識思想的探求者，自然有加以理解的必要。
〔參考資料〕 舊譯《華嚴經》卷二十六；《大智度論》卷二；《大毗婆沙論》卷十六；《顯揚聖教論》卷九；《轉識論》；《十八空論》；《成唯識論述記》卷八（本）、卷十（本）；《華嚴五教章》卷三。
(一)原指植物種子，借喻為現象生起之根據。即世間的種種行為在發生過後尚有餘勢潛在地存留著，並成為未來行為生起的原因，或影響未來的行為。換言之，初期佛教將促使善惡業及其果報連續不絕的潛在功能，譬喻為種子。部派佛教時代，經量部、化地部等部派，認為種子是支持人類生存的力量。大乘瑜伽行派則以之構成及維持阿賴耶識，並以之為生起現行的功能。此說為唯識思想之重要概念。
依唯識大乘所說，種子藏於阿賴耶識中，為生出現實（種子生現行）之原因，同時也是為現實所影響（現行熏種子）之結果，或為生出類似自身之種子（種子生種子）的原因。又，與種子有關之語，有習氣（vāsanā）與熏習。古時有所謂「煩惱習氣」，即指煩惱之餘勢，於唯識思想中，與種子為同一概念。熏習則指能生出種子、習氣，而給予影響之作用。因此說現行熏習種子而殘留習氣，習氣成為種子而生出新的現行。此外，種子有名言種子（依觀念、言語而生者，又稱等流習氣）、業種子（產生行為者，又稱異熟習氣）。又可區別為先天存在阿賴耶識中之本有種子，與後天為現象所熏習的新熏種子二種。
另據陳譯《攝大乘論釋》、《成唯識論》等書所述，一切種子必具六義。六義指︰(1)剎那滅，(2)果俱有，(3)恆隨轉，(4)性決定，(5)待眾緣，(6)引自果。
(二)密教興起之後，以梵字表記本尊，此梵字亦稱種子，又作種字。定佛、菩薩諸尊之種子，係取梵名或真言之首部，或取重要之字，或依義而定之。例如胎藏界大日如來的種子為「阿」（a），因代表大日如來之真言為a-vi-ra-nūṁ-khaṁ，又表不生之意（anutpāda），故取其第一字為代表。此外，文殊之種子取自梵號；地藏之種子取自其真言之中字。又，一尊之種子，有時亦為他尊所用。如阿彌陀佛的種子，亦是千手觀音的種子；胎藏界大日如來與火天的種子亦為同一梵字。除一尊各別之種子外，亦有共通於一類諸尊之種子，如忿怒部諸尊之種子，星宿諸尊之種子等即屬此類。
此種子亦是借草本種子為喻，總有攝持、引生二義，別有了因、生因、本有三義。攝持，表示一字中含藏無量法、無量義。引生，謂從一字引生微細之諸功德。了因，謂依種子觀而了悟佛智。生因，謂由種子產生三摩耶形等。本有，謂諸字門具自性之德，為諸法之根源。由於有此上諸義，故不限於諸尊，一切法門悉得建立種子。
此外，書寫種子之曼荼羅，稱為種子曼荼羅。依諸尊之種子而修觀行，稱之為種子觀。
◎附一︰霍韜晦〈唯識宗的種子〉（摘錄自《現代佛學大系》{54}）
唯識宗的種子觀念，是從植物種子（bīja）來的，以借喻現象生起的根據。不過最先提出這一觀念的不是唯識宗，而是經部（Saut-rāntika）。經部處理業的問題，認為業與果報的媒介物是思的種子，即由思的活動熏成。種子剎那相續，到成熟時，便生起名色果報。不過有關種子的貯存問題，經部並未了解到須有一底層意識的存在，所以只歸於色心互持。唯識宗起，始規定種子是「本識中親生自果功能差別」（《成唯識論》卷二），於是全部括入阿賴耶識中。根據世親（Vasubandhu，約西元五世紀）對阿賴耶識的規定，阿賴耶識是異熟識，它擁有一切種子。異熟是面對前生的善惡業，至今已化為現實存在的意思說的。「擁有一切種子」則是從它的內部構造上說。蓋阿賴耶識自身並無特殊內容，種子就是它的內容，所以賴耶和種子是一整體性的關係，不可分割。傳統的解釋，以賴耶為體，種子為用，又說種子是賴耶的相分（這主要是護法說，見《成唯識論》卷二），則如何由賴耶之一，生起種子之多﹖此亦有違種子六義中的引自果義（見下），所以不能把賴耶和種子分開。
由阿賴耶識的結構，進一步開出的就是賴耶緣起說。唯識宗以賴耶持種、待緣現行的觀念來交代客觀世界的生起，為此對於種子的性質、活動方式先予安立，這就是種子六義︰
(1)剎那滅︰種子在剎那中纔生即滅，而非常住。種子如此，則種子所生起的表相世界亦然。唯識宗以此概念來說明世界的無常義。
(2)果俱有︰種子與所生之現行（即表相）同時出現，現行還熏新種亦同時進行，三法展轉，因果同時。這是在剎那滅的觀點下建立因果關係。
(3)恆隨轉︰種子在第一剎那中纔生即滅，第二剎那種子再起，中無間隙，而前後兩種子相類。這是為了解釋現象的連貫性而建立。
(4)性決定︰種子的性質，如有漏、無漏、善、惡、無記等，與所生現行相同，現行與所熏生的種子亦相同。這是為了維持因果的一致性，若因果性質不同不可能相生。
(5)待眾緣︰種子起為現行，須待條件。蓋種子自身是因緣，但仍須等無間緣、所緣緣，及增上緣的牽引，始能生起。
(6)引自果︰每一種子只能生起自現行，而不會生起不同內容的現行。種瓜得瓜，種豆得豆。唯識宗認為︰通過此義，可使現象界的因果內容不亂。
由上述六義，可見唯識宗對於世界的構造問題是採取一種功能原子論的進路，把世界分解為片片表相，然後收入種子；種子與表相成為一一對應的關係。這種想法，最大的困難可能是多重表相結合以成一客觀對象的根據問題，種子自身顯然不能擔負這一功能。
其次，關於種子的來源，有本有種子（本性住種），亦有新熏種子（習所成種）。關於這一方面的討論，主要在解決成佛問題。因為從現實生命反溯，每一期阿賴耶識的存在都是前期善惡業的異熟，因復有因，實不能在時間上定一起點，所以無始時來都是新熏種，亦稱為習氣（vasana），由現行熏生。問題是，眾生修行實踐至見道位，無漏種子初起現行便不能無根而有，所以必須設定有本有的無漏種子以作交代。然而，從現實生命上想，無始時來阿賴耶識都是有漏種子的活動地方，則無漏種子的存在便不可能在內（依性決定義，有漏、無漏不相交涉），而只能是一種「寄存狀態」，待原有結構打散後，纔能接替有漏種子起現行，這也就是轉依。
其次，阿賴耶識貫通三世，前生的業與後生的存在如何關聯亦一問題。唯識宗說種子有兩種︰(1)名言種子，(2)業種子。名言種子負責生起（轉化）出整個我、法世界，所以它們是現實存在的根源。它們之所以稱為「名言」，是因為存在世界全部都可以用「名言」表達。於中復分兩類︰1.表義名言種子，由具體的語言現象熏生，唯第六意識有；2.顯境名言種子，由人的認識活動熏生，通前七識心、心所（但若從我、法世界的提供上說，八識種子都是名言種子）。至於業種子，則為決定引生來世名言種子的力量。人生各有不同的命運就是受業種子牽引。業種子由第六意識中的思心所發出善惡性的身、語、意業熏生，而貯存於阿賴耶識中，對來生的阿賴耶識的名言種子有牽引作用，所以阿賴耶識稱為異熟識。（《成唯識論述記》說異熟有三解︰(1)異時而熟，此顯因先果後；(2)異類而熟，業種子居因位時有善、惡性，至果位名言種子生起時是無記性，性質類別已有不同。因為這表示前期的善惡性到此已成熟，獲得酬報。此即傳統唯識家所說的「因通善惡、果唯無記」；(3)變異而熟，即由因轉化為果。）其實業種子與名言種子在體性上並無不同，若從其所熏生的種子能引生自現行，即作因緣義，便是名言種子；若只是牽引果位的其他的名言種子起現行，即作增上緣用，便是業種子。
依據上述，亦可以把名言種子生起的我、法現象的功能分開，於是有兩種習氣︰(1)名言習氣，這是總名；(2)我執習氣，特指產生自我觀念的種子（唯第六、七識有）。加上有支習氣（「有」，指欲界、色界、無色界，眾生存在的三大界域，也是輪迴的界域；「支」是支分義，即輪迴之各段，或「因」義，即輪迴之因。所以即是指業種子而言），便成三種。
此外，在名言種子中，又有共相種子與不共相種子之分。共相種子負責轉化出客觀世界（器世間），如山河、大地之類，由前生的共業種子引生；不共相種子負責轉化出個體生命（有根身），由前生的不共業種子引生。
◎附二︰侯外廬（等）〈種子、現行與熏習〉（摘錄自《中國思想通史》第四卷（上）第三章第三節）
唯識論者認為，顯現的、在當前的剎那間發生作用的現行之識，對於潛在之識是有影響的，這種影響便是所謂「熏習」。正和「種子」是由比喻得名一樣，「熏習」也是一種比喻的說法，它的涵義是︰現行之識把它的印象反映到潛在之識中，使潛在之識受到它的熏染，正如以香花熏油，使油也獲得花香一樣。就「現行」對「種子」的熏習而言，「種子」又名「習氣」。對這一比喻，窺基有如下的說明︰
「此種子者，習氣異名，習氣之法，必由熏有，如胡麻中所有香氣，華熏故生。西方欲作塗身香油，先以香華，和于苣蕂，聚之一處，令便極爛，後以明顯油，油遂香馥。」（《述記》卷十三）
關於「種子」的熏習，有三種說法︰一種說法是「種子」是本有的，「由熏習力，但可增長」；另一種說法是「種子」都由熏習而成；第三種說法是調和以上二說，認為「種子」有二類，一類是本有的，一類是由熏習而成，即所謂「習所成種」。這些說法是就「種子」的來源而言，但都一致承認「現行」對「種子」的熏習作用。
「種子」與「現行」的關係是「所熏」與「能熏」之間的依存關係，也正是第八識與七識之間的依存關係︰第八識是「所熏」，前七識是「能熏」。唯識論者論證︰只有第八識才能是「所熏」。第八識按其性能來說，乃是一種續而不深的意識，它的連續性，可以使它堅執「種子」，使「種子」受熏；它的不深而虛疏，又可以使它具有容納性，這是「所熏」的必要條件。一方面，第八識是「無記」的（即無善無惡之意，《成唯識論》卷三︰「此非善惡，故名無記」），因此可以接受具有善惡性的「種子」的熏染；另一方面，它的體性是虛疏的，因而「無所違逆，能容習氣」（同上，卷二），也就是說︰「體是虛疏，易可受熏，（中略）有虛疏故，可容種子。」（《述記》卷十四）「所熏」與「能熏」同具的條件，乃是二者之間的「同時同處，不即不離」，「如是能熏與所熏識俱生俱滅，熏習義成」（《成唯識論》卷二）。這是對第八識與七識的相互依存關係的進一步的界說。
由此出發，唯識論者對「種子」與「現行」的因果關係展開了錯綜的分析︰
(一)「種子」是識的潛在狀態，而「現行」的識乃是這種潛在的識的顯現，就二者的相對的因果關係來說，這種顯現乃是「種子」生「現行」，即「種子」是因，「現行」是果。窺基在《成唯識論掌中樞要》中寫道︰
「攝論第二卷，以種為因相，諸法因緣故；現行為果相，二種所生故。」
「二種」即「識種」（或名言種子）與「業種」，前者是無善無惡的，後者是有善有惡的。前者自身並不能單獨發生變化，只有在與後者相結合的條件下，才能變起「現行」。因此，嚴格說來，「識種」是因，「業種」是緣，「現行」是果。
「現行」由「種子」生起，但又反過來熏習「種子」，原來的「種子」被熏之後成為新種，就「現行」之識對受熏後處於新的狀態的潛在之識而言，這種轉變乃是「現行」生「種子」，「現行」是因，「種子」是果。
這樣，「種子」與「現行」相互更生，互為因果。在這種「種子」與「現行」相生的因果關係中，唯識論者提出兩個相互結合的觀念︰第一個觀念是因果同時，第二個觀念是異類相生。
「種子」與「現行」同時而有因果關係的觀念，是「能熏」與「所熏」、「同時同處，不即不離」的觀念的直接的推衍。今取有關文句略加檢證︰
「如隔念者︰非互相熏，能熏、所熏必俱時故。」（《成唯識論》卷三）
「有作是說，要種滅已，現果方生。（中略）有義彼說，為證不成，（中略）焰炷同時，互為因故，然種自類，因果不俱，種現相生，決定俱有。」（同上，卷四）
「測（圓測）云︰種現同時名俱現，必依一身名和合，故遮過，未及他身也。基（窺基）云︰現者，顯現、現在、現有三義名現，（中略）顯現簡第七，現在簡前後，現有簡假法。體是實有，成種子故。」（太賢《成唯識論學記》卷二）
「令所熏中種子生長，如熏苣蕂，故名熏習。能熏識等，從種生時，即能為因，復熏成種，三法展轉，因果同時，如炷生焰，焰生燋炷，亦如蘆束，更互相依，因果俱時，理不傾動。」（《成唯識論》卷二）
異類相生的觀念是︰作為因的「種子」與作為果的「現行」並不屬於一類。唯識論者認為，正因為「種子」與「現行」不屬於同類，所以能夠俱時而有。如《成唯識論》說︰「現種異類，互不相違，一身俱時，有能生用。」窺基釋︰「現行與種，各異類故，互不相違，於一身俱時現在，有能生用故。（中略）因果體性，不相似故，名為異類；不相違故，得同時有。」（《述記》卷十四）
(二)「種子」生起「現行」，「現行」又熏成「種子」，就新種與舊種的因果關係而言，乃是舊種生新種，即舊種為因，新種是果。同樣，「現行」熏成「種子」，「種子」又生起「現行」，就舊的「現行」與新起的「現行」的因果關係而言，乃是「現行」生「現行」，即舊的「現行」是因，新起的「現行」是果。在這種「種子」生「種子」、「現行」生「現行」的因果關係中，唯識論者也提出兩個互相結合的觀念︰第一個觀念是因果異時，第二個觀念是自類相生。
因果異時的觀念乃是由「種子」的「恒隨轉」的原理引申出來的，「種子」是連續而無間斷的，因而有前種與後種的「長時一類相續」。自類相生的觀念是指「種子」生「種子」、「現行」生「現行」，雖有前後剎那之別，但同屬一類，對此，窺基有如下的解釋︰種子望種，體性相似，名為同類，以相違故，不得俱時一身和合，即第五卷《瑜伽論》云︰「與他性為因。即種望現，亦與後念。自性為因，非即此剎那，此即是種，前後相生。（中略）現行望種，名為異類，雖亦熏種，後種未生果，故非無窮，於一剎那，無二現行。」（《述記》卷十四）總括說來，唯識論者所論「種子」與「現行」的因果關係可約為二類︰「種子」、「現行」相互之間異類俱時而生，「種子」、「現行」各自自類異時而生，合起來便是四種︰「種子」生「現行」、「現行」生「種子」、「種子」生「種子」、「現行」生「現行」。
這兩類因果雖交互相錯，但綜合在一起，便形成意識的恒轉如暴流的圖景︰既有剎那的前後生滅，又有永無窮盡的連續，既有「種子」與「現行」的意識流轉，又有二者各自相對的獨立發展。
唯識論者關於因果的學說，是他們的全部教義的核心。近人歐陽漸對於他們的繁瑣的論述甚至嘆為「俶詭陸離，不容思議」，並且說︰「設有問言唯識何事，應告之曰︰唯識事是因果事。」（《唯識講義》卷一）這樣說法，雖有誇大之嫌，但也並不是沒有根據的，因為唯識論是在八識的差別性的基礎上建立了八識的依存關係，在這種依存關係的基礎上描述了意識的恒轉，在這一具有內在的差別性與依存關係的意識之流中，概括出各種類型的因果的環鏈，在這裏，因果的環鏈也反過來集中地反映了八識的差別、依存與恒轉。通過「種子」與「現行」的範疇，執持「種子」的第八識與熏習「種子」的七種轉識的差別、依存與恒轉，在「能熏」與「所熏」的關係中得到最後的揭示︰通過熏習作用，「種子」與「現行」的遞嬗推移的意識之流又在因果關係中得到最後的揭示。所有這一切有機的聯結，我們不妨以《成唯識論》如下的一段文句作為印證︰
「阿賴耶識，為斷為常，非斷非常，以恒轉故。恒謂此識，無始時來，一類相續，常無間斷，是界趣生，施設本故。性堅持種，令不失故。轉謂此識，無始時來，念念生滅，前後變異，因滅果生，非常一故；可為轉識，熏成種故。恒言遮斷，轉表非常，猶如暴流，因果法爾。如暴流水，非斷非常，相續長時，有所漂溺；此識亦爾，從無始來，生滅相續，非常非斷，漂溺有情，令不出離。又如暴流，雖風等擊起諸波浪，而流不斷，此識亦爾，雖遇眾緣，起眼識等，而恒相續。（中略）謂此識性，無始時來，剎那剎那，果生因滅，果生故非斷，因滅故非常，非斷非常，是緣起理，故說此識恒轉如流。」（卷三）
這一段話是在形式的理論上具有合理核心的描述。在這裏，阿賴耶識本身也處於永恒的流變之中。但我們必須指出，唯識論是一種顛倒的理論，硬說各種轉識依著它不斷激起波浪，感覺、知覺以及一切思維活動都被捲入永恒流轉的意識的暴流，這就把主觀世界預為安放在完全自由的地位，而形成一種意志論。
唯識論者的因果論把因果當作意識之流的某種施設的環鏈來理解，而且把因果的環鏈放在普遍的依存與流轉的關係中來理解。（下略）
〔參考資料〕 舊譯《華嚴經》卷二十五〈十地品〉；《成實論》卷十一；《俱舍論》卷十九；《瑜伽師地論》卷二、卷二十一；《成唯識論》卷二；《順正理論》卷十二；《大日經疏》卷十、卷十七；《金剛頂瑜伽中略出念誦經》卷一；不空《仁王護國般若波羅蜜多經道場念誦儀軌》卷下；熊十力《佛家名相通釋》；印順《攝大乘論講記》、《唯識學探源》；雨曇〈唯識學上之種子義〉（《現代佛教學術叢刊》{25}）。
成唯識論八卷七頁云：復次生死相續，由諸習氣。然諸習氣，總有三種。一、名言習氣。謂有為法各別親種。名言有二。一、表義名言。即能詮義音聲差別。二、顯境名言。即能了境心心所法。隨二名言所熏成種，作有為法各別因緣。二、我執習氣。謂虛妄執我我所種。我執有二。一、俱生我執。即修所斷我我所執。二、分別我執。即見所斷我我所執。隨二我執所熏成種，令有情等自他差別。三、有支習氣。謂招三界異熟業種。有支有二。一、有漏善。即是能招可愛果業。二、諸不善。即是能招非愛果業。隨二有支所熏成種，令異熟果，善惡趣別。
成唯識論八卷七頁云：名言有二。一、表義名言。即能詮義音聲差別，二、顯境名言。即能了境心心所法。
成唯識論八卷七頁云：一名言習氣。謂有為法各別親種。名言有二。一、表義名言。即能詮義音聲差別。二、顯境名言。即能了境心心所法。隨二名言所熏成種，作有為法各別因緣。