佛經的校勘與集註必須特別審慎的進行，因此將本書編輯時採用的方法略述於本章，提供給對於編輯準則有興趣的朋友參考，以昭公信。一般讀者可逕行跳過此章。
本書的重點為「經文」本身，附帶的內容如「註解」、「導讀」等，都期許以嚴謹的態度加以求證，白話內容旨在協助理解經典，培養每位讀者深入經藏的能力，而不必依賴編者的詮釋，因此白話內容必須基於確實的經文依據。
「註解」皆以經解經而求證，每卷皆經過最少四位編輯的交叉檢驗，以期避免斷章取義或有疑義之處。每卷的編輯當中最少二位老參，作義理上的查核，其餘則可以是新學，協助檢驗內容是否能讓初學者理解。全書共有十多位編輯合作完成各卷初稿及相關搜查比對，再由總編輯及副總編辨正、修訂、整合、最終定稿。也因此從初稿完成後，歷時五年才產生第一冊的完稿。
在以經解經的方法而言，若於阿含藏有定義的專有名詞，即以阿含藏內的定義為準；若阿含藏內沒有明確定義，則同時參照漢譯各版三藏以及南傳的相對應經文，交叉比對。這當中CBETA電子佛典扮演了相當重要的角色，方便編輯們調出各版藏經以釐清名詞定義，南傳的相對應經文則主要參考《雜阿含經南北傳對讀》、《漢譯南傳大藏經》、《The Connected Discourses of the Buddha: A Translation of the Samyutta Nikaya》。
另外也運用古今佛學工具書，如《一切經音義》、《續一切經音義》、《翻梵語》、《翻譯名義集》、《釋氏要覽》、《諸經要集》、《法苑珠林》等古書，搭配近代的《丁福保佛學辭典》、《佛光大辭典》、《雜阿含經論會編》、《佛光大藏經阿含藏》、《漢譯阿含辭典》、《中華佛教百科全書》、《陳義孝佛學常見詞彙》、《南山律學辭典》等，以期擇各家之長，用淺顯易懂的白話加以解釋。在此過程中也開發了「一行佛學辭典搜尋」系統： http://buddhaspace.org/dict/ ，方便諸方線上查詢特定專有名詞在各佛學工具書中的解釋。
為讓讀者能輕易讀懂經典，進而聞思修、信受奉行，本書內容避免玄虛的用語，而採易懂又不失原意的白話用詞。若特定的名詞諸方看法不同，則盡量以客觀的立場選取初學者容易理解又合理的解釋，其中若有複雜的辯經或辨證內容則列於線上「進階辨正」欄，供有意深究細節的讀者探索。若各佛學工具書都沒有某專有名詞的白話解釋，則向諸方徵求釐清，在網路上開啟討論，並向法師大德請益，遵循依經、依律的原則辨正，書末的「誌謝」一節即列出除了編輯群外曾貢獻過寶貴意見的一些法師大德。
在經文文字上，特別感謝「中華電子佛典協會（CBETA）」的努力，而有完整的校勘。CBETA 的大藏經費時十年，其中《雜阿含經》是以大正藏為底本，而大正藏則以高麗藏為底本，並對校宋本、元本、明本，部分參考聖本、金剛峰寺本，少數校勘 CBETA 亦參考了永樂北藏及磧砂藏，或根據前後文修改用字。校勘的詳細資訊皆詳載 CBETA 及本書中。部分難句為確認意義，也參考巴利藏各中、英譯本。
各小經的「對應經典」則以香光尼眾佛學圖書館「南傳大藏經目錄檢索系統」的經目對照資料庫為底本，一經一經地比對「Suttacentral.net」、「雜阿含經南北傳對讀」的線上資料（這些資料則已參考了《雜阿含經論會編》的對應經典、《佛光阿含藏》的經典對照表、赤沼智善的《四部四阿含互照錄》），找出相異處加以討論辨析，並通知前述線上資料庫的管理人員，以作修正的參考。
若讀者有對本書的斧正或建議，還請不吝至「台大獅子吼佛學專站」發文提出討論，以使本書內容更斟完善。
為方便讀者的閱讀，本書採用新式標點符號。
本書集諸多學者的研究和編輯們的審閱，修正了許多《大正藏》中過往日本學者所標示斷句的錯誤，以及其餘版本新式標點忽略的部分。所有標點修正之處，皆已和CBETA溝通取得共識，最新版的電子大藏經中，也有採用本書編輯過程中找出的標點修正，讓《阿含經》的句讀更為正確。
就校勘符號的標示而言，《大正藏》是以「頭標」標示校勘，也就是校勘符號擺在要校勘的字詞之前，但現代人所習慣的是「尾標」，也就是校勘符號擺在要校勘的字詞之後。本書為符合現代人的閱讀習慣，採用「尾標」。
市面上新式標點的佛經，在一般對話中稱呼某人時，會使用驚嘆號稱名，例如「如是，比丘！」這是考量巴利文呼格而有的標點方式。本書編輯時曾考量中文的習慣用法，不擬以驚嘆號稱名，然由於中文佛教出版界當今幾乎都以驚嘆號稱名，因此決定隨順當今佛教出版界的習慣，使用驚嘆號稱名。
CBETA標點的規則中，有上引號不必然有對應的下引號，本書也不特別加以修改。
本書若非必要，不修改經文，以保持經文的原貌。校勘皆基於CBETA，若發現《大正藏》有明確經文闕漏、衍文、或錯植，也會在與CBETA溝通取得共識後，才會列入校勘、修訂經文。
因此雖然如《雜阿含經論會編》以及許多學者有各自主張經文可修訂的部分，本書採取較保守的作法，只在有修訂的必要性、且確認修訂後意義絕對正確者，才加以校勘修訂。若有學者所建議之經文修訂對於經文意義的理解很有幫助，但該修改不具必要性者，則列入「進階辨正」之中酌供參照，而不直接修改經文。
在《大正藏》校勘中標示各版藏經不一的部分，由編輯依據前後文義選擇最適合者，以方便讀者閱讀。舉例而言，若宋、元、明版藏經皆採用甲字，而大正藏卻採用乙字，若文義上用甲字較正確，編輯即會選擇甲字，並在校勘標明此處各版藏經的異同。
本書的「對應經典」的原始資料庫來自於A Digital Comparative Catalog of Āgama Literature，並由編輯逐一比對suttacentral.net、雜阿含經南北傳對讀等資源，以及根據讀經班的討論，而作修正。這些資料庫又各自參照了姉崎正治、赤沼智善、《雜阿含經論會編》、《佛光阿含藏》等資源，於此不一一介紹。
在「對應經典」的表列上，有以下原則：
目前 Unicode 中文編碼收錄了許多的罕用字，一般的電腦作業系統已能呈現，另外一些罕用字雖然未被 Unicode 收錄，在 Unicode 中也可以找到外形相近的異體字或意義相同的 Big5 通用字。
本書中為方便讀者的閱讀，罕用字原則上依序採用Big5 通用字、Unicode、Unicode異體字等呈現。其餘罕用字則會另行造字呈現，因此在本書中不會見到組字式，此類造字在線上版則會以組字式顯示。
下表羅列《雜阿含經》中的罕用字以及各字的 Unicode、極接近的Unicode、通用字：
| 組字式 | Unicode | 極接近的Unicode | 通用字 |
|---|---|---|---|
| [色-巴+鹿] | 麁 | 麤 | |
| [奚*鳥] | 鷄 | 雞 | |
| [至*鳥] | 鵄 | 鴟 | |
| [鬥@(豆*寸)] | 鬪 | 鬥 | |
| [馬*央] | 駚 | ||
| [馬*丘] | 駈 | 驅 | |
| [飢-几+善] | 饍 | 膳 | |
| [飢-几+芳] | 餝 | ||
| [冰-水+食] | 飡 | 餐 | |
| [焦*頁] | 顦 | 憔 | |
| [卒*頁] | 顇 | 悴 | |
| [糒-米+韋] | 韛 | ||
| [糒-米+革] | 鞴 | ||
| [隸-木+士] | 隷 | 隸 | |
| [阿-可+登] | 隥 | 磴 | |
| [阿-可+(嶙-山)] | 隣 | 鄰 | |
| [門@市] | 閙 | 鬧 | |
| [門@下] | 閇 | 閉 | |
| [金*巢] | 鏁 | 鎖 | |
| [錙-田+貝] | 鎻 | 鎖 | |
| [金*俞] | 鍮 | ||
| [金*本] | 鉢 | 鉢 | |
| [金*勾] | 鈎 | 鉤 | |
| [酉*咸] | 醎 | ||
| [這-言+向] | 逈 | 迥 | |
| [身*果] | 躶 | 裸 | |
| [身*冘] | 躭 | 耽 | |
| [跳-兆+辟] | 躃 | 躄 | |
| [跳-兆+翕] | 蹹 | ||
| [躚-(這-言)] | 蹮 | 躚 | |
| [跳-兆+束] | 踈 | 疏 | |
| [言*適] | 讁 | 謫 | |
| [者*見] | 覩 | 睹 | |
| [袖-由+聶] | 襵 | ||
| [虎-儿+丘] | 虗 | 虛 | |
| [卄/(禾*魚)] | 蘓 | 蘇 | |
| [卄/果] | 菓 | 果 | |
| [舍*官] | 舘 | 館 | |
| [月*葛] | 臈 | ||
| [月*逢] | 膖 | ||
| [腳-谷+去] | 脚 | 腳 | |
| [月*劦] | 脇 | 脅 | |
| [罩-卓+絹] | 羂 | 罥 | |
| [罩-卓+討] | 罸 | 罰 | |
| [彊-弓+糸] | 繮 | 韁 | |
| [米*會] | 糩 | ||
| [米*良] | 粮 | 糧 | |
| [豎-豆+立] | 竪 | 豎 | |
| [立*立] | 竝 | 並 | |
| [穴/ㄙ/心] | 窓 | 窗 | |
| [禾*爾] | 穪 | 稱 | |
| [石*追] | 磓 | ||
| [目*侯] | 睺 | ||
| [暇-日+目] | 睱 | 暇 | |
| [差-工+目] | 着 | 著 | |
| [病-丙+陰] | 癊 | ||
| [病-丙+亞] | 瘂 | 啞 | |
| [病-丙+包] | 疱 | ||
| [疏-(梳-木)+束] | 疎 | 疏 | |
| [嘗-旨+甘] | 甞 | 嘗 | |
| [王*留] | 瑠 | 琉 | |
| [狂-王+苗] | 猫 | 貓 | |
| [狂-王+者] | 猪 | 豬 | |
| [狂-王+爰] | 猨 | 猿 | |
| [聰-耳+片] | 牕 | 窗 | |
| [火*因] | 烟 | 煙 | |
| [澀-(刃*刃)+止] | 澁 | 澀 | |
| [洗-冼+水] | 氷 | 冰 | |
| [毯-炎+匊] | 毱 | 鞠 | |
| [敵-ㄆ+欠] | 歒 | ||
| [爵-(采-木)+(樊-大)] | 欝 | 鬱 | |
| [木*伐] | 栰 | ||
| [日*英] | 暎 | 映 | |
| [民/日] | 昬 | 昏 | |
| [打-丁+秦] | 搸 | ||
| [打-丁+只] | 抧 | ||
| [怡-台+敖] | 慠 | 傲 | |
| [斬/心] | 慙 | 慚 | |
| [怡-台+疾] | 愱 | ||
| [怡-台+吳] | 悞 | 誤 | |
| [怡-台+吝] | 悋 | 吝 | |
| [悕-巾+ㄙ] | 恡 | 吝 | |
| [怡-台+在] | 恠 | 怪 | |
| [山/夆] | 峯 | 峰 | |
| [尸@貝] | 屓 | ||
| [虺-虫+王] | 尫 | 尪 | |
| [甚*少] | 尠 | 尟 | |
| [兙-十+寸] | 尅 | 剋 | |
| [女*市] | 姉 | 姊 | |
| [女*石] | 妬 | 妒 | |
| [土*龍] | 壠 | 壟 | |
| [漸/土] | 壍 | 塹 | |
| [土*區] | 塸 | ||
| [土*(蒙-卄)] | 塜 | ||
| [泥/土] | 埿 | ||
| [土*反] | 坂 | 阪 | |
| [口*鼻] | 嚊 | ||
| [口*宅] | 咤 | ||
| [口*兄] | 呪 | 咒 | |
| [厂@(豆*寸)] | 厨 | 廚 | |
| [去*ㄗ] | 却 | 卻 | |
| [曷-曰] | 匃 | ||
| [來*力] | 勑 | 敕 | |
| [卷*力] | 勌 | ||
| [束*力] | 勅 | 敕 | |
| [交*力] | 効 | 效 | |
| [僉*刃] | 劒 | 劍 | |
| [任/几] | 凭 | 憑 | |
| [冰-水+咸] | 减 | 減 | |
| [冰-水+京] | 凉 | 涼 | |
| [冗-几+且] | 冝 | ||
| [仁-二+妄] | 侫 | 佞 | |
| [毯-炎+參] | 𣯶 | 毿 | |
| [黍-禾+利] | 𪏭 | 黎 | |
| [澗-日+月] | 㵎 | 澗 | |
| [毯-炎+翕] | 𣯾 | 毾 | |
| [月*庸] | 𦟛 | 傭 | |
| [火*(采-木+(〡*日))] | 㷔 | 焰 | |
| [跳-兆+(梳-木)] | 䟽 | 疏 | |
| [旃-丹+冉] | 㫋 | 旃 | |
| [金*矛] | 𨥨 | 矛 | |
| [月*爰] | 䐘 | ||
| [木*翕] | 㯓 | ||
| [木*奈] | 㮈 | ||
| [摽*寸] | 𢷋 | ||
| [少/兔] | 㝹 | ||
| [木*(暴-(日/共)+夭)] | 𣕊 | ||
| [卄/爪] | 𦬔 | ||
| [矛*贊] | 䂎 | ||
| [穀-禾+卵] | 㲉 | ||
| [(殼-一)/牛] | 𤛓 | ||
| [泳-永+臾] | 㳛 | ||
| [卄/梨] | 䔧 | ||
| [跳-兆+散] | 𨅖 | ||
| [卄/積] | 𧂐 | ||
| [僉*殳] | 𣫍 | ||
| [疊*毛] | 㲲 | ||
| [漂*寸] | 㵱 | ||
| [登*毛] | 㲪 | ||
| [麩-夫+少] | 麨 | ||
| [八/異] | 兾 | 冀 | |
| [目*丐] | 眄 | 眄 | |
| [(禾*尤)/上/日] | 𥡳 | 稽 | |
| [麩-夫+并] | 䴵 | 餅 | |
| [(ㄇ@(企-止))/ㄙ/月] | 𦊰 | 罥 | |
| [跳-兆+(乏-之+(犮-、))] | 䟦 | 跋 | |
| [跳-兆+專] | 𨄔 | ||
| [麩-夫+廣] | 𪍿 | ||
| [示*甫] | 𥙷 | ||
| [少/免] | 㝹 | ||
| [麩-夫+黃] | 䵃 | ||
| [莉-禾+夾] | 𠞦 | ||
| [夕/鹿] | 麤 | ||
| [烈-列+(里*吉)] | 黠 | ||
| [卄/(束*束)] | 蕀 | ||
| [芸/木] | 葉 | ||
| [舟*冗] | |||
| [柯-口+日] | |||
| [跳-兆+尃] | |||
| [火*(暴-(日/共)+夭)] | |||
| [絳-糸+牛] | |||
| [序-予+疑] | |||
| [月*背] | |||
| [穀-(一/禾)+卬] | |||
| [塉-月+目] | |||
| [榦-木+禾] | |||
| [目*候] | |||
| [嚝-黃+建] | |||
| [阿-可+鼻] | |||
| [臼/丌] | |||
| [恩-大+夕] | |||
| [序-予+虐] |