種子曼荼羅
[佛學大辭典（丁福保）]（術語）四曼中之法曼荼羅也。
（術語）種子曼荼羅也，是四曼中之法曼。大日經疏十三曰：「若弟子財力豐贍堪能廣辦者，師即當作畫色像之壇，為示本尊身印之相故也。若力不能辦而造字壇，即犯秘法隱覆之罪。」
（術語）即種子曼荼羅，四曼中之法曼荼羅也。若修行者無資力，不能作圖畫之大曼荼羅者，得以此字曼荼羅修法。大日經疏十三曰：「然實力不辦者聽作字曼荼羅，即於此置佛之處但畫作阿字，是一切佛及菩薩之母也（云云）。」
四曼，為四種曼荼羅之略稱；相，謂相狀差別；大，謂周遍。為體、相、用三大之一。密教建立大、三昧耶、法、羯磨等四種曼荼羅以盡萬法之相狀，乃與六大「體」大、三密「用」大相對而稱四曼相大。四種曼荼羅係自外界明其相狀而得認知，故稱為相；以周遍於萬法，故稱為大。曼荼羅，為輪圓具足之義；相大，則謂於一法具足眾法而輪圓周備，故稱曼荼羅為四曼相大。
據理趣釋卷上、即身成佛義等之解釋：(一)大曼荼羅（梵 mahā-mandala），又作尊形曼荼羅，指諸尊相好具足之身，即依五相、三密之妙行而成佛之加持受用身。又以彩繪諸尊之形像為大曼荼羅。大者，殊勝、圓滿之義，即以標示五大之五色互相交雜而稱為大。此曼荼羅相當於金剛界九會曼荼羅中之成身會。(二)三昧耶曼荼羅（梵 samaya-mandala），指諸尊所持之刀劍、輪寶、金剛、蓮花等標幟。若彩繪其像，並以手指結印契，亦稱三昧耶曼荼羅。三昧耶，有本誓、平等、除障、警覺等義；平等，即謂周遍之義。此曼荼羅含攝器世間之一切法，相當於金剛界曼荼羅中之三昧耶會。(三)法曼荼羅（梵 dharma-mandala），又作種子曼荼羅，即諸尊之種子及真言。若就顯密諸經論之文字而言，則一切文字音聲均攝入此一曼荼羅中，相當於金剛界曼荼羅中之微細會。(四)羯磨曼荼羅（梵 karma-mandala），為諸尊之威儀事業。羯磨即指事業、作業，故取捨屈伸乃至捏鑄刻鏤等造像事業皆攝入此曼荼羅中，相當於金剛界曼荼羅中之供養會。
若依大日經之說，四種曼荼羅含攝三種祕密身，即以字為法曼荼羅，印為三昧耶曼荼羅，形像為大曼荼羅，三身各具威儀、事業則為羯磨曼荼羅。此外，就上述四種曼荼羅，論體、相二大之別。謂體大曼荼羅雖萬德輪圓，然舉一全收，而絕相對；相大曼荼羅則一塵一法如存在，必有四方、上中下，具足眾相之差別。〔兩部大法相承師資付法記卷上、真言廣名目卷六〕 p1755
又作種子曼荼羅、法曼荼羅。為四種曼荼羅之一。即密教各種曼荼羅中，以諸尊之種子布列於各尊本位所建立之曼荼羅。據大日經疏卷十三載，凡資力不辨，不能作圖畫（繪畫諸尊之形像）之大曼荼羅時，得以此種曼荼羅為修法。其作法係以金泥寫諸尊之種子字或阿字等於紺紙上，每字以圓形圍之，或於每字之下畫蓮花。此字曼荼羅雖係資力不足者所修，然因所書寫之梵字含有多種深義，異於顯示諸尊形像之大曼荼羅，故反較大曼荼羅具有更深祕之義。〔理趣釋卷上、大日經疏卷六、祕藏記〕（參閱「四曼相大」1755） p2383
日本佛教用語。又作守囊。為一小袋子，專作收納佛菩薩、諸天等之尊像、種子曼荼羅、護符、小型經卷等。由金襴、緞子、綾等製成；繫掛於頸間或腰部，可免難得福。 p2389
梵語 dharma-mandala。音譯達磨曼荼羅。又作種子曼荼羅、字曼荼羅。略稱法曼。為密教所設立四種曼荼羅之一。凡書寫經論之文字言語、義理，及諸佛菩薩之真言、種子等有關法文義理之曼荼羅，皆稱為法曼荼羅。此類曼荼羅乃資力不足時所修，故不能當作繪畫諸尊形像之大曼荼羅來修法。〔理趣釋卷上、大日經疏卷六、卷十三、十住心論卷十〕（參閱「字曼荼羅」2383、「曼荼羅」4400） p3383
指密教為使觀想時心能方便統一，而圖繪、雕刻諸尊所成之曼荼羅。通常所說之曼荼羅，即指此。凡四種：(一)大曼荼羅，描繪諸尊。(二)三昧耶曼荼羅，描繪象徵諸尊之三昧耶。(三)法曼荼羅，又作種子曼荼羅，表諸尊之種子者。(四)羯磨曼荼羅，表諸（尊之所作、事業及一切動作、作用者。（參閱「曼荼羅」4400） p3789
梵語 mandala，西藏語 dkyil-hkhor。又作曼陀羅、曼吒羅、漫荼羅、蔓陀羅、曼拏攞、滿荼邏、滿拏囉。意譯壇、壇場、輪圓具足、聚集。印度修密法時，為防止魔眾侵入，而劃圓形、方形之區域，或建立土壇，有時亦於其上畫佛、菩薩像，事畢像廢；故一般以區劃圓形或方形之地域，稱為曼荼羅，認為區內充滿諸佛與菩薩，故亦稱為聚集、輪圓具足。在律中，亦有為避不淨，而在種種場合作曼荼羅者。
據大日經疏卷四載，曼荼羅有種種意義：自輪圓具足之意而言，諸尊如輪般環繞於普門之大日如來四周，協助大日，使眾生趣入普門；自發生之意而言，能養育佛種，而生佛樹王（佛果）；又由梵語 manda 乃精製牛乳為醍醐之意，故曼荼羅表佛果之醇淨融妙，有極無比味、無過上味之意。但後世密教認為，曼荼羅主要是聚集之意，亦即諸佛、菩薩、聖者所居處之地。印度築土壇，係於其上圖出諸尊，事後，復破壞之，但我國及日本則專用紙帛圖出諸尊。日本東密，係指於金剛界圖出金剛界曼荼羅，於胎藏界圖出胎藏界曼荼羅等之兩部曼荼羅（兩界曼荼羅）。在台密，則以蘇悉地法用雜曼荼羅。又兩部曼荼羅之圖樣因經及儀軌不同而有異，現流行之圖示曼荼羅，稱為現圖曼荼羅。
曼荼羅有四種，稱為四種曼荼羅，簡稱四曼。依金剛頂經之說，即：(一)諸尊具足相好容貌之圖畫，稱為大曼荼羅（尊形曼荼羅），相當於金剛界曼荼羅之成身會。(二)諸尊之三昧耶，即表示本誓之器杖、刀劍等之持物，以圖示或於手結印契，稱為三昧耶曼荼羅，相當於三昧耶會。(三)諸尊之種子及真言，或書種子之梵字於諸尊本位，或以法身之三摩地以及一切經論之文義等，稱為法曼荼羅（種子曼荼羅），相當於微細會。(四)將諸尊之威儀事業鑄造成像，稱為羯磨曼荼羅，相當於供養會。此四種曼荼羅，又各含有三種曼荼羅，即：(1)都會（都門、普門）曼荼羅，諸尊聚集一起，如以大日如來為中心之兩部曼荼羅。(2)部會曼荼羅，部分諸尊，如佛部之佛頂曼荼羅，蓮華部之十一面觀音曼荼羅等。(3)別尊（一門）曼荼羅，以一尊為中心之釋迦曼荼羅、如意輪曼荼羅等。
依大日經之說法，可歸納於三種祕密身，即：(一)字，乃法曼荼羅。(二)印，乃三昧耶曼荼羅。(三)形，乃大曼荼羅。此三身各具足威儀事業，稱為羯磨曼荼羅。四曼荼羅雖圓滿具足萬德，然總歸於一而超越相對，此謂體大曼荼羅；具備眾相之差別，稱為相大曼荼羅；具足三密之業用，稱為用大曼荼羅。又四曼荼羅攝盡一切存在之相狀，故對六大體大、三密用大，稱為四曼相大。此外，尚有三種四曼荼羅之說，即：(一)就過去世而言，集中於法身大日如來說法席之聖眾，為自性會四曼。(二)就未來世而言，影像及書畫，為世間住持四曼。(三)就現在世而言，瑜伽行者為行者修成四曼。
至於大智印、三昧耶智印、法智印、羯磨智印等四智印（四印）與四曼之異同，乃是體同而名異；或謂四曼乃通於有情、非情者，而四印則只限於有情者；或謂四曼對本有之體而得名，四印乃對修生之用而得名。
金剛界曼荼羅（金剛界，梵語 vajra-dhātu），表示大日之智法身。又作果曼荼羅、智曼荼羅、西曼荼羅、月輪曼荼羅。此係根據金剛頂經等所作之圖。日本東密使用自九會形成之九會曼荼羅；台密則使用成身一會之曼荼羅。九會曼荼羅乃印度隨宜之說，如左圖所示（括弧內為別稱）。
現圖曼荼羅計收一四六一尊。羯磨會以下之六會，相當於金剛頂經金剛界品所說之金剛界大曼荼羅、陀羅尼曼荼羅、微細金剛曼荼羅、一切如來廣大供養羯磨曼荼羅、四印曼荼羅、一印曼荼羅等六曼荼羅。其餘三會之所據則無定說。金剛界曼荼羅原為成身一會，而九會則似是集合九種曼荼羅者。其圖相之義，金剛係表示菩提之智慧體，堅固不壞，且有摧毀一切之功能。圖相排列順序係以羯磨會為首，最下為降三世三昧耶會，此即表示如來教導眾生，起化他之作用，係「從果向因」之下轉門，至羯磨會以下之供養會乃表示各個四曼。四印會表示四曼相互不離，一印會則表示四曼乃為絕對之一實相而容納於六大。以上六會即三輪身中自性輪身之曼荼羅。理趣會為正法輪身金剛薩埵之曼荼羅，表示欲、觸、愛、慢之相。降三世羯磨會與降三世三昧耶會，則表示由於以上二輪身，對難以教化之眾生，顯示忿怒的教令輪身之降三世明王之容貌，而使之折伏。
此外，降三世三昧耶會以下，逆向羯磨會，係表示菩薩之修行順位，係「從因向果」之上轉門。降三世三昧耶會則象徵以大悲之弓箭，射伏無明之怨敵，發起上求菩提下化眾生之誓願，乃至羯磨會係表示完成威儀具足之大日如來（即羯磨身）。或對前圖依照(七)(八)(九)(五)(四)(三)(六)(一)(二)之順序，有種種解釋，如謂此乃從自證至化他，又從化他還歸自證之「自證化他折伏攝受不二」之曼荼羅。九會之中，表示羯磨會（成身會）圖相者，即於中央畫一大圓輪，其中現出五月輪，且於中央月輪中安置大日及四波羅蜜菩薩，而於四方月輪安置四佛及四親近等十六大菩薩。其他，復畫八供養（內四供養、外四供養）、四攝、賢劫千佛、外金剛部二十天、四大神等。
金剛界曼荼羅分為佛部（理智具足覺道圓滿）、金剛部（智）、寶部（福德）、蓮華部（理）、羯磨部（化他作用）等五部。大日、阿閦、寶生、阿彌陀、不空成就等五佛，為其各部之部主；而大日以外之四佛則自大日四親近之四波羅蜜菩薩出生，故此四菩薩稱為部母。
胎藏界曼荼羅（胎藏界，梵語 garbha-dhātu），乃表示大日之理法身。又作因曼荼羅、理曼荼羅、東曼荼羅、大悲曼荼羅。佛之大悲，若以胎藏為譬喻，即從此胎藏而生曼荼羅之意，此乃根據大日經之繪圖而來。其圖形不一，如經疏曼荼羅、阿闍梨所傳曼荼羅、胎藏舊圖樣、胎藏圖像、現圖曼荼羅，而部院之廢立及所列之諸尊皆有差異。傳說為日僧惠果所作之現圖曼荼羅立有十三大院，然於日僧空海之祕藏記中，省略四大護院，而僅有十二大院。其他尚有省略蘇悉地院，而為十一大院者。日本現行之現圖曼荼羅即屬於十二大院，其配列如下圖，計容納四一四尊。
圖相之意，表示開顯眾生本具之因德，即等於果德之蓮花，亦即菩提心之佛種由大悲萬行之母胎（即胎藏）養育，直至佛果之意。從佛菩提自證之德，示現八葉中胎大日之身，從大日之德，示現第一重乃至第四重之諸尊，此皆象徵大日之德的一部分。其中，中臺八葉院之圖相：大日位於八葉（八花瓣）蓮花中央之花臺，東方安置一葉寶幢，南方安置開敷華王，西方為無量壽，北方為天鼓雷音，東南方為普賢，西南方為文殊，西北方為觀世音，東北方則為彌勒。以上，大日表示法界體性智，四佛表示四智，四菩薩表示四行（菩提、福德、智慧、羯磨）。胎藏界曼荼羅分為佛部、金剛部、蓮華部等三部。在眾生心中則表示粗妄執、細妄執、極細妄執等三妄執實相之大定、大智、大悲等三德。中臺院及其東西等六院，相當於佛部，北方之觀音、地藏等二院相當於蓮華部，南方之金剛手、除蓋障等二院相當於金剛部，外金剛部院攝屬於三部，而通稱為金剛部。
於台密，除兩部大日如來以外，其餘諸尊而為中尊者之曼荼羅（即金剛、胎藏兩界曼荼羅以外之曼荼羅）稱為雜曼荼羅，又稱作諸尊曼荼羅、別尊曼荼羅。有如來、佛頂、諸經、觀音、菩薩、忿怒、天等分別。胎藏界曼荼羅之諸尊，在本位普遍聚集，稱為都會壇曼荼羅、普門曼荼羅；對此，以藥師、彌陀、觀音等諸尊為中心所建之曼荼羅，則稱都外別壇、別尊曼荼羅、一門曼荼羅。
修尊勝法時所畫者，稱為尊勝曼荼羅。以不動明王為本尊之曼荼羅，稱為不動曼荼羅。將彌陀、觀音通種子之「紇利俱」字放置於開敷蓮華中之中臺八葉，稱為九字曼荼羅。此外，畫法華經說經會之聖眾，稱為經法曼荼羅。畫釋迦三尊及傳俱舍論之諸祖者，稱為俱舍曼荼羅。修法之時，僅以觀想觀諸尊之形像，稱為道場觀曼荼羅。至於觀想自身為曼荼羅，而在四肢五體上布列曼荼羅之諸尊，則稱支分生曼荼羅。支分生曼荼羅中，以胎藏界之中臺八葉院配於頭部，第一重之內眷屬配於咽喉及心臟，第二重之諸大菩薩配於臍以下之部位，稱為三重流現曼荼羅。地、水、火、風、空等五輪配於膝、腹、胸、面、頂，稱為五輪成身曼荼羅。此外，金剛界之九會則配於肢體。灌頂之時，敷於壇上行者投花得佛所用者，稱為敷曼荼羅。至於一般把曼荼羅作為禮拜供養之對象，稱為曼荼羅供，略稱曼供，於諸堂建築落成時之落慶供養多修此曼荼羅。描畫彌陀之淨土及彌勒之兜率天等相狀，稱為淨土曼荼羅，或兜率曼荼羅，惟此應稱為變相。又圖示法華經教說內容，稱為法華變相及法華曼荼羅。然於密教修法華經時，則另有法華曼荼羅。又建立曼荼羅，為弟子傳授灌頂之傳法阿闍梨，稱為曼荼羅阿闍梨。〔大日經卷一具緣品、有部毘奈耶雜事卷十三、五祕密儀軌〕（參閱「變」6912） p4400
梵語 bīja，巴利語同。(一)如同穀類等之由其種子所生，色法（物質）與心法（精神）等一切現象亦有其產生之因種，稱為種子。穀類之種子稱為外種；對外之種子而言，唯識宗將種子攝於阿賴耶識中，稱為內種。內種子係指其生果功能而言（生果作用），乃為現行諸法（現在所顯現之諸現象）薰習於阿賴耶識中而形成一特殊之習性者，故又稱習氣或餘習。
種子之說，原為一種譬喻，最早見於雜阿含經。部派佛教中之化地部亦謂，於「窮生死蘊」之識中，常藏有色法與心法之種子；對此，經量部認為色法與心法互為種子而具有薰他之性質，故主張「色心互薰」之說。於瑜伽師地論中，立阿賴耶識為「種子識」，並謂此識能生色、心、善、惡等一切諸法，而藏有一切種子。
「種子」一詞，其後成為大乘唯識學重要術語之一。據成唯識論卷二之說，於阿賴耶識中，能同時生起七轉諸法現行之果，又具有令自類之種子前後相續不斷之功能；即能生一切有漏、無漏、有為等諸法之功能者，皆稱為種子。如同植物之種子，具有產生一切現象之可能性。種子藏於阿賴耶識中，前者（種子）為因、作用，後者（阿賴耶識）為果、本體。然種子自身並非一客體，而係一純粹之精神作用。
自類別而言，種子可分兩種：(一)能產生諸現象（眾生之迷界）者，稱為有漏種子。(二)能生菩提之因者，稱為無漏種子。有漏種子復可分為二類：(1)能產生與種子同種類之現象者，稱為名言種子、等流種子、等流習氣。(2)可幫助名言種子，以善惡業而產生異熟作用者（即具有產生當來有漏果之功能），稱為業種子、異熟種子、有支習氣、異熟習氣。上述之中，名言種子係一切諸法之「親因緣」種子，乃以名言為緣所薰成之種子，又分成表義名言與顯境名言兩種。表義名言種子，指於名言（名、句、文等）中詮表諸法之義者；第六識即緣此名言，隨其語言音聲而變現一切諸法之相狀，由之所薰成之種子。顯境名言種子，指緣前七識之見分（認識諸法相狀之作用）為境，隨緣所薰成之種子。若就現行所受用之情形而言，名言種子又有共相與不共相二種名言種子。共相名言種子，如日月、星辰、山河、大地等，舉凡可供自他共同受用者，是為共相；能生起此類共相境界之種子，皆稱為共相名言種子。自相名言種子，例如各人之身體，僅能供一己受用；能變現此等自相之種子，稱為自相名言種子。又就作用而言，共相與不共相之名言種子均由共業與不共業之業種子為之資助，始能招感其相，即共業種子資助共相種子，始能招感共相；不共業種子資助不共相種子，始能招感不共相。準此可知，大乘唯識之宗義，乃謂無論依報、正報等一切萬法皆由種子所變現者。
另據成唯識論卷二、梁譯攝大乘論釋卷二之說，種子具有六項條件，稱為種子六義，即：(一)剎那滅，由於無常而有生滅之變化。(二)果俱有，果者，識與根。識與根同時俱起，互不相離。(三)恆隨轉，識起時，種子亦隨而轉動，無有間隔。(四)性決定，諸識所緣之善、惡等性，必有因果，而無有間雜，譬如眼識緣惡境則成惡法而不能成善法。(五)待眾緣，識非為一因而生，必藉外緣方能產生現行。(六)引自果，色（物質）與心各自引生自果，色法由色法之種子所生，心法由心法之種子所生，並非交互而成者。
至於種子生起之情形，依歷來各種主張，可歸納為三說：(一)本有說，護月之主張，稱為「本有家」。(二)新薰說，難陀、勝軍之主張，稱為「新薰家」。(三)新舊合生說，護法之主張，稱為「新舊合生家」。唯識宗係以第三說為正說，即認為種子有二類：(一)本有種子，即自無始以來，先天存在於阿賴耶識中之種子，又稱本性住種。(二)新薰種子，即由後天現行諸法所薰習成之種子，又稱習所成種。諸法之發生，除初入「見道」剎那之無漏智，僅從本有無漏種子生起外，其餘一切法無不由本有、新薰二類種子和合而生。蓋唯識宗對於由「種子」變現成「諸法」之關係，最重要者即為：由「三法」所構成的「二重」因果說。所謂三法，即指「能生之種子」（本有種子）、「所生之現行」、「所薰之新種」（新薰種子）；所謂二重因果，即指「種子生現行」、「現行薰因種子」。此三法同時輾轉互成二重之果，即一種子既為同一剎那間之「現行之因」，亦為後一剎那之「種子之果」，故又可稱為「種子生種子」。當色、心之諸緣和合時，阿賴耶識所持之種子必令當前之外界產生某種現象，此即「生起現行」；於同一剎那，其現行之法必隨所應而薰種子，此即現行薰種子。就八識而論之，則第八識所持之種子為因，生起眼等之七轉識；同一剎那，七轉識之現行法亦為因，而生起第八識之種子，故有所謂「七轉、八識，互為因果」之說。
此外，唯識宗之另一宗義「五姓各別」說，乃依據本有無漏種之種別及其有無等問題而建立者，即主張一切有情眾生自本有以來即具有聲聞種姓、獨覺種姓、如來種姓、不定種姓、無性有情等五種不同之類型，各有所別，而不可轉變改易；此一主張相對於一乘家「眾生悉有佛性」之說。〔解深密經卷二、俱舍論卷四、卷五、瑜伽師地論卷五、卷五十一、卷五十二、顯識論、顯揚聖教論卷十七、成唯識論述記卷七末、瑜伽論記卷十三上、卷十三下〕
(二)密教中，表示佛、菩薩等諸尊所說真言之梵字。乃真言行者修字輪觀時所觀照者。又作種字、種子字。所以稱種子者，乃因其具有「自一字可生多字，多字復可賅攝於一字」之意。故知「種子」一詞，含有引生、攝持之義。例如合十字為一句，若以第一字為種子，則可依之引生下面九字所具有之觀智，同時此九字之意義亦可攝入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能於一字專注行觀，修諸行願，即能於一切行願皆得圓滿。
一般而言，種子具有三義，即：(一)了因義，譬如由煙而識火之體性；經由觀種子之字門，即可了知佛智。(二)生因義，譬如由穀類等之種子可生出根莖花果等；由種子可生三昧耶形。(三)本有義，意謂字門即諸法之根源，具足本來之性德，而可作為軌範者。以具足上述三義，故密教諸尊多以之為表徵。
諸尊之種子，就來源而言，有下列數種：(一)較常見者，多採取真言之第一字，例如胎藏界大日如來之種子為 ，月天之種子為 ，水天之種子為 。(二)以真言之中字為種子者，如地藏之種子 。(三)亦有採用真言之終字為種子者，如金剛界大日如來之種子 ，釋迦之種子 。(四)取梵號以為種子者，如文殊之種子 ，藥師之種子 。(五)取自與本誓相應之用語，如聖觀音之種子 ，係取自 samantamukha（普門）一語。(六)真言與梵號並取者，如阿彌陀佛之種子 。
除一尊各別之種子外，另有共通於此類諸尊之種子，稱為通種子，例如金剛界五部，各以其主尊（大日、阿閦、寶生、彌陀、不空成就）之種子為其各部之通種子。又種子並不限於諸尊所用，一切法門悉得建立種子，如五大各有其種子：地之種子為 （阿字門），水為 （縛字門），火為 （囉字門），風為 （訶字門），空為 （佉字門）。此外，書寫種子之曼荼羅，稱為種子曼荼羅；以種子觀行，則稱種子觀。歷來有將密教經軌中諸尊之種子輯錄成諸尊種子真言集、種子集等。〔仁王經道場念誦儀軌卷下、大日經疏卷一、卷六、卷十、卷十四〕 p5863
密教用語。「四曼」指四種曼荼羅，即大曼荼羅、三昧耶曼荼羅、法曼荼羅、羯磨曼荼羅四種，或略稱為大、三、法、羯四曼。「相大」指體相用三大中之「相大」。以「相大」之觀點來說明曼荼羅，謂之「四曼相大」。空海《即身成佛義》書中，引《大日經》及《金剛頂經》說明如下︰
(1)大曼荼羅︰又稱尊形曼荼羅，指諸尊相好具足之身。又彩畫之形像係名大曼荼羅。「大」乃殊勝、圓滿之義，即五大之標示（五色）互交，故名大。
(2)三昧耶曼荼羅︰即諸尊所持的器杖刀劍輪寶等標幟。若彩畫其像，或以手指結印契，亦稱三昧耶曼荼羅。「三昧耶」有本誓、平等、除障、警覺等義；平等意為周遍，此曼荼羅中攝器世間的一切法，遍一切處所依止，故稱三昧耶曼荼羅。
(3)法曼荼羅︰又稱種子曼荼羅，即諸尊的種子真言。或顯密諸經論之文字，及一切文字音聲皆攝於此曼荼羅中。
(4)羯磨曼荼羅︰即諸尊之威儀事業。「羯磨」指事業、作業，取捨屈伸，乃至捏鑄刻鏤等亦皆攝於此曼荼羅中。
若就以上四種曼荼羅來論體、相二大之別，則所謂體大曼荼羅，指萬德輪圓，但舉一全收，更絕相對。相大曼荼羅，謂一塵一法若存在，則必有四方、上中下，眾相差別具足。今即約相大之義來說明四種曼荼羅，故稱四曼相大。又，《大日經》中的字、印、形三者如次相當於法、三、大三曼，而羯磨曼荼羅則通三者。
此外，關於此四曼的次第，有粗細與體用的次第。就粗細的次第而言，依次是大、三、羯、法。大曼荼羅顯了分明，故置於第一；三昧耶曼荼羅之手印標幟等比起大曼荼羅，其相稍隱，故置第二；羯磨曼荼羅的威儀事業是體上所具的作用，故置第三；法曼荼羅是內心之所證，自體甚幽遠，故置第四位。
其次，就體用的次第而言，依序是大、三、法、羯。大曼荼羅中，尊形乃自體成立，而持標幟、誦真言、作事業，其體最廣，因此列在首位。三昧耶曼荼羅乃內契法性之實體，外應物而標示其本誓，內外平等，自體周遍，因此列在第二位。法曼荼羅其體雖幽遠，但功用廣大，正指真如的當體，故列在第三位。羯磨曼荼羅是事業威儀的作用，因此列在最後。
以上乃大略之分別，剋實而言，則是體用不二，粗細相即，輪圓具足，並非永有體用、粗細的分別。
關於此四種曼荼羅和四種法身的關係，《四曼義》說三重之意如下︰
大曼荼羅--------自性身─等流身─受用身─佛 寶
三昧耶曼荼羅----等流身─受用身─自性身─僧 寶
法曼荼羅--------受用身─自性身─變化身─法 寶
羯磨曼荼羅------變化身─變化身─等流身─通三寶
此外，此四種曼荼羅又分三種︰(1)自性會的四曼，約過去世而指法身大日如來說法的會座（即自性會場的眾聖）；(2)住持世間的四曼，約未來世而指影像書畫；(3)行者修成的四曼，約現世而指瑜伽行者。
〔參考資料〕 《真言廣名目》卷六；宇井伯壽《佛教汎論》。
密教所建立的四種曼荼羅，即大曼荼羅、三昧耶曼荼羅、法曼荼羅、羯磨曼荼羅。略稱四曼。依《理趣釋》卷上所述，此四種曼荼羅總攝瑜伽一切曼荼羅；即若畫一一菩薩的本形即成大曼荼羅；若畫本聖所執持的諸物，即成三昧耶曼荼羅；各書種子字於本位即名法曼荼羅；各鑄本形安於本位即成羯磨曼荼羅。又，《即身成佛義》云（大正77‧382c）︰
「若依金剛頂經說，四種曼荼羅者，(一)大曼荼羅，謂一一佛菩薩相好身，又綵畫其形像，名大曼荼羅；又以五相成本尊瑜伽，又名大智印。(二)三昧耶曼荼羅，即所持標幟刀劍輪寶金剛蓮華等類是也，若畫其像亦是也。又以二手和合金剛縛發生成印是也。亦名三昧耶智印。(三)法曼荼羅，本尊種子真言，若其種子字各書本位是，又法身三摩地及一切契經文義等皆是，亦名法智印。(四)羯摩曼荼羅，即諸佛菩薩等種種威儀事業，若鑄若捏等亦是。亦名羯磨智印。」又說︰「如是四種曼荼羅四種智印其數無量，一一量同虛空，彼不離此，此不離彼，猶如空他礙不逆。故云四種曼荼羅各不離。」
(1)大曼荼羅︰指諸尊的相好具足身，乃依五相三密妙行而成佛的加持受用身。相當於金剛界九會曼荼羅中的成身會。
(2)三昧耶曼荼羅︰指刀劍、輪寶、金剛、蓮華等諸尊本誓的標幟，相當於金剛界曼荼羅中的三昧耶會。
(3)法曼荼羅︰指諸尊的種子及真言，相當於金剛界曼荼羅的微細會。
(4)羯磨曼荼羅︰指諸尊的威儀事業，相當於金剛界曼荼羅的供養會。若依《大日經》的經意，謂四曼含攝於三種祕密身，即字為法曼荼羅，印為三昧耶曼荼羅，形像是大曼荼羅，而此三身各具威儀事業，即為羯磨曼荼羅。
◎附︰神林隆淨著‧歐陽瀚存譯《密宗要旨》第八章（摘錄）
(一)曼荼羅之名義
四種曼荼羅（輪圓具足）於四曼義中，大師曾為詳述。曼荼羅有輪圓、發生、聚集三義。輪圓者，圓備眾德之意。發生者，發生諸佛之意。聚集者，聚集十方三世諸聖於一處之意。曼荼羅原指方壇或圓壇。壇者，積土於上，平治其面，而以牛糞塗其表，使之鞏固，於此壇上，以營宗教之神聖行事。尤其為阿闍梨（師）授戒予弟子時，或國王即位時，於此上行之。當為此神聖之行事時，例須迎請十方三世諸聖，而為證明者。於是或繪畫十方三世諸聖之聖像，或以其所持之物，表示尊嚴。又或以諸佛諸尊之種子，而表示其尊崇。循茲差異，復有四曼荼羅之不同云。
(二)四種曼荼羅
謂四種曼荼羅者︰大曼荼羅（maha-maṇḍala）、三昧耶（samaya，本誓）曼荼羅、法（dharma）曼荼羅、羯磨（karma作業）曼荼羅也。
(1)大曼荼羅︰以五大色，即青、黃、赤、白、黑之五色，繪畫諸佛諸尊之集會之義。此五大與五色之配合，具有異說，非屬同一。地、水、火、風、空之色，依於地方，而有種種。
(2)三昧耶曼荼羅︰不畫諸尊形像之全部，惟畫諸尊所持之寶珠、刀劍，或輪等，以表其尊嚴。諸尊所持物，乃本誓念願之所表現。故依於所持之物，即能想像此尊之本誓念願為如何。即輪為表示如意滿足之意，刀以表智慧，寶珠表福德。持輪之尊像，以使吾人獲得如意滿足為本誓。持刀之尊像，則以其利劍，切斷吾人愚癡妄想之羈絆，而以智慧授與吾人為本誓是也。
(3)法曼荼羅︰種子曼荼羅也。指以種子表示諸尊之曼荼羅，替代繪畫三昧耶曼荼羅或五種色彩之諸尊曼荼羅。種子（bīja）有了因與生因二義。生因者，如植物之種子，自其種子萌芽、生枝、發葉、開花，以至為結成果實之種之義。復次了因者，為某種事物之記號或名目之首字等，見其記號或首字之文字者，即能思及其為何物。例如唅（hain）以示不動明王，頡玖（hrīḥ）以表阿彌陀佛。依此梵文，而思及其尊身之文字，稱為種子。此種子既成為思及某尊者之原因，故是時種子，為了因之義。爰改畫諸尊形像，而畫以種子，即稱為種子曼荼羅，或法曼荼羅。
(4)羯磨曼荼羅︰業曼荼羅之義。羯磨（kar-ma）者，作業之義，意為行住坐臥、取捨屈伸等之活動；以其作業，為立體的表示諸尊之集會，稱為羯磨曼荼羅。此類彫像、塑像、鑄像等之諸尊集會，日本雖不經見，但據謂尼泊爾地方，尚屬存在。一說羯磨曼荼羅者，綜貫大、三、法三種曼荼羅。以彼等之活動，或三摩地（等至）之姿勢，彌益抽象，而造成一種曼荼羅。蓋嘗有主張是說者，惟緣何須以活動或等至之姿勢，成為一曼荼羅，則理由不明。吾人以為以彫像等立體的尊身之集會，認為羯磨曼荼羅，詎非極穩當之考案歟。
(三)攝一切諸法於四曼
上記之四種，為曼荼羅表示之代表的區別。其專為四曼適切之典據，則為不空三藏所譯之《理趣釋經》。此中明示一切曼荼羅該攝於四種之義。但曼荼羅者，原為瑜伽行者（yogin）觀念之對象，瑜伽行者修三密之妙行時，先於清淨心中，觀諸尊種子，並觀種子變而為三昧耶形，三昧耶形再變而為五彩諸尊集會，如是成就禮讚兩部曼荼羅等。
〔參考資料〕 《兩部大法相承師資付法記》卷上；《祕藏記》；《四種曼荼羅義》；《真言宗教時問答》卷四。
一般而言，是指將佛菩薩等尊像，或種子字、三昧耶形等，依一定方式加以配列的圖樣。又譯曼拏羅、滿荼羅、曼陀羅、漫荼羅等。意譯壇城、中圍、壇場等。曼荼羅的梵語maṇḍala，是由意為「心髓」、「本質」的maṇḍa，以及意為「得」的la所組成的。因此「曼荼羅」一詞即意謂「獲得本質」。所謂「獲得本質」，是指獲得佛之無上正等正覺。由於曼荼羅是真理之表徵，猶如圓輪一般圓滿無缺，因此或有譯之為「圓輪具足」的。又由於曼荼羅也被認為有「證悟的場所」、「道場」的意思，而道場是設壇以供如來、菩薩聚集的場所，因此，曼荼羅又有「壇」、「集合」的意義產生。職是之故，聚集佛菩薩之聖像於一壇，或描繪諸尊於一處者，皆稱之為曼荼羅。
〔曼荼羅的成立──從觀念到具象〕 隨著大乘佛教的開展，逐漸有一種新思想產生，亦即認為不僅釋尊可以成正覺，而且，其他一切眾生也都有悟的種子（菩提心），若開發此種子則人人皆可成佛。菩提種子尚未開發的，稱為「自性曼荼羅」。在經典中，曾言及佛以神力，令諸會眾觀見佛之世界。又云眾生可依自己觀想修行之力，觀見佛界。這種觀想佛界於心中的，稱為「觀想曼荼羅」。然而，凝想作觀並非易事，不是人人皆能行之。因此，遂將依觀想所得之佛像，繪成圖像，或於壇上配列佛像及三昧耶形，而形成了所謂的「形像曼荼羅」。
〔曼荼羅的發展〕 古代印度素有唱唸咒句（dharaṇī，陀羅尼）、結印契（mudrā，印相）的修法。對於此種修法，釋尊曾嚴禁其弟子修習。但到大乘佛教時代，咒術已逐漸混入經典之中。根據漢譯經典看來，咒句始見於三世紀的經典，三世紀末至四世紀初期，述及身、口、意三密及咒句的經典已經出現。四世紀中期，如觀音咒法等，在咒語上已附上了尊名。到四世紀末期，如《觀佛三昧經》所示，觀想法已頗為詳細。
另一方面，從二世紀末至三世紀，大乘佛教興起，《淨土經》、《法華經》、《華嚴經》等大乘經典逐漸成立，並出現甚多如來、菩薩及諸佛淨土。《華嚴經》中，以教主盧舍那佛為中心的華藏世界，呈現出廣大的宇宙觀。而三十三身觀音、梵天、帝釋天、毗沙門天、八部眾等尊像也多呈現多面多臂式，密教的成分已經出現。在五世紀中期至六世紀末的譯典中，可以看到言及築造七重界大壇的結呪界法。受印度教影響的諸尊也於此時出現。例如在六世紀前半，梁譯《牟梨曼荼羅咒經》中，咒語及壇場作法已頗為齊備。而經中所載的壇場本尊及其眷屬的「畫像法」，則是「別尊曼荼羅」的起源。此外，更有現忿怒相的多面多臂像，以及修增益（方）、息災（圓）、降伏（三角）等法的護摩火爐。近年來，在喀什米爾發現此經的梵文寫本（約成立於五至六世紀），可知印度於此時期已有這樣的曼荼羅。我國南北朝至隋代時，出現請雨法、十一面觀音法及其畫像法。七世紀初期（初唐時），出現為觀想金剛界本尊而修的印度教瑜伽觀法。爾後，觀想愈發盛行。在七世紀中期的《陀羅尼集經》中，有集合諸尊的普集會壇、各種諸尊法，及由佛、金、觀三部構成的大曼荼羅。而在八世紀初期，菩提流志譯的《不空羂索神變真言經》及《一字佛頂輪王經》中，中尊雖仍是釋迦如來，但從其他諸尊的配置，可以看出胎藏曼荼羅的成立已蓄勢待發了。
就這樣，隨著時代遷移，以壇為中心的個別的曼荼羅，逐漸變成了集合體。七世紀中期，《大日經》成立，其後出現以《大日經》為基礎而繪成的胎藏曼荼羅。又，從七世紀至八世紀初期，成立了《金剛頂經》，隨後也出現根據它而描繪的金剛界曼荼羅。從此時期開始的密教，亦即以大日如來為中心的密教，被稱為「純密」。而在此之前的，則稱為「雜密」。純密在唐朝時期，迅速地整理統合，成立由胎藏界、金剛界兩種曼荼羅組成的兩界曼荼羅。後由惠果傳予入唐之日僧空海，而成為流傳於日本的「現圖曼荼羅」。
大乘之所以有如此的變化，自有其不得已的背景。自笈多王朝滅亡以來，以農村為基礎之傳統的、保守的婆羅門教（印度教）日漸興盛，使原先受工商業者支持的佛教與耆那教倍受威脅。為了因應這種變動，佛教徒只好與異教徒妥協，大膽採用其修法，而成立各種曼荼羅。
〔曼荼羅的種類〕
(1)法曼荼羅︰以口誦咒語的方式，將密教的三密（身、口、意），集中於口。在三鈷杵中圖繪尊像（金剛界曼荼羅微細會），或描繪最抽象化的梵字（種子曼荼羅），此謂之法曼荼羅。
(2)三昧耶曼荼羅︰如謂透過口念，以音聲表現的為最抽象，則以佛手所持的持物作為佛誓願之象徵，當是最具象的了。尊像之持物，稱為「三昧耶形」。圖繪此三昧耶形的曼荼羅，就稱為三昧耶曼荼羅。
(3)大曼荼羅︰正如以樹木、台座、佛足等代表釋尊的時代過後，才出現佛像。肇因於咒語，以象徵為媒介來觀想佛的觀想法，持續頗長一段時期，其後出現以景觀為背景的，描繪佛說法的「說會曼荼羅」。淨土曼荼羅多屬這類1，而純密中的請雨經曼荼羅、菩提場曼荼羅等，亦含有此成分。將此變相圖形化，描繪諸尊正面形相，即成為密教的曼荼羅。圖繪這些尊像的曼荼羅，稱為大曼荼羅。
(4)羯磨曼荼羅︰重視社會中的個體與全體之親和性，而將此相互供養的諸尊齊繪於一堂的，稱為羯磨（karma，行為）曼荼羅。此外，以雕像構成的立體曼荼羅，也是羯磨曼荼羅。以上，大、三、法、羯四種曼荼羅，總稱四種曼荼羅，是金剛界曼荼羅的主要部分。
〔曼荼羅的形態〕 在印度，欲製作曼荼羅時，首先是擇地，再於地之四隅立樁，繞線結界。界中鋪上清淨泥土。築壇，其表層塗抹白土，安置諸尊。由於修法結束後，須將壇毀壞，所以印度沒有曼荼羅壇的遺品留存。西藏的曼荼羅，多是壁畫，中國與日本的曼荼羅，多彩繪於絹紙上，或有以金銀泥描繪的。在舉行灌頂儀式時，壇上掛著的是敷曼荼羅。四種曼荼羅之中，描繪尊像的大曼荼羅，最為常見。
這些曼荼羅可以分為兩界曼荼羅與別尊曼荼羅兩大類。「兩界曼荼羅」是金、胎兩種曼荼羅組成的大總合曼荼羅。「別尊曼荼羅」是依修法的目的而有不同的本尊，及其他諸尊的曼荼羅。依所立的本尊之不同而有如次數類︰
(1)以如來為本尊︰法華、請雨經、寶樓閣、菩提場曼荼羅等。
(2)以佛眼、佛頂為本尊︰佛眼、一字金輪、六字經、尊勝曼荼羅等。
(3)以菩薩為本尊︰如意輪、八字文殊、彌勒、五大虛空藏、五祕密曼荼羅等。
(4)以明王為本尊︰孔雀經、仁王經、愛染、十二天曼荼羅等。
(5)以天為本尊︰閻魔王、童子經、吉祥天、地斗曼荼羅等。
(6)垂迹曼荼羅︰春日、山王、熊野曼荼羅等。
〔西藏的曼荼羅〕 純密成立之後，從八世紀中期到密教滅亡（1203）之間，稱為後期密教。此一時期，仍有根據後期密教經典而成立的曼荼羅。但當時並不是直接傳入中國、日本，而是先傳入西藏、蒙古。到了元代，才傳入朝鮮、中國。西藏稱此時期的經典為無上瑜伽怛特羅。此中，以父怛特羅的《祕密集會怛特羅》為最古。其後，成立各種母怛特羅的曼荼羅。最後是總合此二怛特羅的《時輪怛特羅》（無上瑜伽不二怛特羅）。在印度西北的拉達克阿齊爾寺三層堂壁面的曼荼羅，是大約成立於十二至十三世紀的遺品。
〔榮格心理學與曼荼羅〕 瑞士精神醫師兼心理學者榮格，曾以心理學的角度來詮釋以四門為中心的西藏曼荼羅的圖型。榮格從他自身的體驗，以及對眾多患者的觀察，發現與曼荼羅相同的圖像，其實與外在的世界並沒關聯，而是個人內在心像的顯現。他將此心像稱為mandala，並嘗試證明其普遍性。榮格認為曼荼羅樣式的圖型，是人類心理的全體（包括意識中心的自我，以及無意識的心之作用），也是它的中心。進一步說，它是意欲調合意識領域及無意識領域的心理影像。平常自己意識不到，但在遭逢心理危機時，就會有作用。會被意識化，而顯現出曼荼羅樣式的圖像。
◎附︰賴富本宏〈曼荼羅〉（摘錄自《西藏密教研究》第五章第三節）
(一)曼荼羅的意義
曼荼羅，近年來極受注目。曼荼羅，在古代印度意指國家的領土和祀神的祭壇。但是在藏文《大日經》的〈建立曼荼羅的真言祕密藏品〉中說︰「曼荼（maṇḍ）名為胎藏，羅（la）是完成。」
由於有上述的說法，曼荼羅遂成為密教的中心要素。
曼荼羅是生存於現象世界的我們，和神聖的佛一體化的場所。也就是超越的大宇宙（macrocosm）和內在的小宇宙（microcosm）相即的空間。這種想法的發端，與古印度奧義書之梵我一如的思想不無關係。但是，在密教裏，不論存在論、認識論、修行論，全都以曼荼羅為中心。
瑜伽部密教的學者菩達格榭的《法曼荼羅經》（Dharmamaṇḍala-sūtra），是一部從思想、構造等各方面來考察曼荼羅的佳作。若從思想上來看，曼荼羅可分為自性曼荼羅、觀想曼荼羅、形象曼荼羅三種。首先，就理念來說，現在眼見、耳聞、身觸的這個世界的種種，都是法身大日如來的顯現。若從後期密教的有力的思想沙訶遮（sahaja，俱生）而言，世界是由佛（buddha＝sahaja）而生成的，充滿俱生（生得）的喜悅。
但是，這些畢竟是理念，為了體證生佛不二的境界，觀想還是必要的。因而，「精神式之生成」的成就法（sadhana）亦自有必要。因此，乃有追求觀想世界之曼荼羅的概念，乃有反映行者心中的曼荼羅。成就法（sadhana）和儀軌（vidhi）所說的象徵式存在（sama-ya-sattva）即屬其範疇。
以上二種曼荼羅是由理念的世界往現象世界開展，然事實上，它並沒有形像的展現。但除了一部分的聖人之外，凡夫皆要透過身、口、意三密行而達到生佛一體的境界。因此，觀想的曼荼羅必須以視覺性、客觀性的圖像方式來表現，使得無論何人一眼望去皆能了解。於是，以諸佛、諸菩薩等形像而表現的形像曼荼羅，無論如何都是必要的，而實際上，形像曼荼羅也成為曼荼羅美術的代表。
通常我們稱曼荼羅，是指形像曼荼羅而言。然而，即使是以姿態、形像所表現的曼荼羅，由其表現方式，仍可細分為下列四種︰
(1)尊像曼荼羅（大曼荼羅）
(2)象徵曼荼羅（三昧耶曼荼羅）
(3)文字曼荼羅（法曼荼羅）
(4)立體曼荼羅（羯磨曼荼羅）
括弧內的術語，載在與弘法大師有關的《祕藏記》等書中。此四種曼荼羅原本出自《初會金剛頂經》中的四印（catur-mudrā），傳至日本以後，發展得更為有組織；這點是值得玩味的。
此四種曼荼羅，在現代來說，是象徵主義變化過程中的一種，包含許多暗示。因而，在此想對這四者略加說明。
首先，尊像曼荼羅在傳統教義體系上稱為大曼荼羅。「大」這個字眼，有各式各樣的解釋。要言之，就是以實際的形像來表現諸尊的曼荼羅。例如金剛界的「大日」作莊嚴的菩薩形，結跏趺坐，結智拳印。「不動」則右手持利劍，左手持羂索，坐於大磐石上。在日本密教寺院中所見到的曼荼羅，此類佔絕大部分，是美術研究的中心。它也可說是最狹義的曼荼羅。
象徵曼荼羅是以尊像曼荼羅為基礎，將其簡略化，亦即以能明確地象徵各尊性格或活動的持物及印相代替尊像。傳統上被稱為三昧耶曼荼羅。三昧耶（或三摩耶）是梵語samaya的音譯。漢字的三昧耶無任何特殊意義。梵語的samaya，後代雖有多種不同的解釋，但其原本應為「約束」、「契約」之意。也就是說，藉著具有特色的持物，將其尊格普遍地加以「約束」、「象徵」化。與尊像曼荼羅相較，由於三昧耶曼荼羅在理解上必須具備密教教義的知識，因此其用例明顯地減少許多。現圖金剛界曼荼羅（九會曼荼羅）中，三昧耶會、降三世三昧耶會是屬於此一範疇。
文字曼荼羅是將由持物等標幟所構成的曼荼羅，又進一步加以象徵化，以「種子」（種字）的單音節文字來表現。傳統上稱為法曼荼羅。文字曼荼羅雖以文字為名，但此文字僅限於古印度的神聖文字──「梵字」為原則。取「種子」之意，是因為植物能由種子長出莖、葉及開花，而在種子的內部又聚集了全體的精華。法曼荼羅中，阿彌陀以hrih、觀音以sa字來表現。也就是說，曼荼羅逐漸地簡單化，由形變而為象徵，再由象徵轉化為文字。這種變化過程的萌芽，在《大日經》中已經提過。由此可知，密教頗為關心象徵化。
第四種曼荼羅，傳統稱為羯磨曼荼羅。羯磨與三昧耶相同，是梵語karma的音譯，其意為「行為」。若以更深一層的宗教意義而言，是佛為了自己的法樂、眾生的化益所行的一切威儀事業；這是前述三種曼荼羅意義的擴大。在美術作品上，羯摩曼荼羅並非畫像，而是指由木像、塑像、鑄像等尊像所構成的曼荼羅。日本東寺講堂內依據《仁王經》所製作的立體曼荼羅即為其佳例。此外，在拉達克的阿爾齊袞巴大日殿內亦可見到金剛界三十七尊的立體曼荼羅。
以上是傳統的四種曼荼羅。此中自然是以尊像曼荼羅在信仰上及美術上最為重要。因為其餘三種曼荼羅各具特色，若對密教教義無某種程度的素養，並不容易理解。
除了傳統的或宗教的理解之外，又有將曼荼羅當作具有核心的一個群體，而以此比喻為我們的心或身體。這種思想引起了年輕人的關注。雖然早在弘法大師《祕密曼荼羅十住心論》中，就有將我們深遠的心與曼荼羅結合的見解，但到了本世紀榮格等深層心理學家，才將曼荼羅的概念應用於心理學上，為曼荼羅的研究開展出新的方向。
此外，由於受到印度瑜伽思想的影響，將我們的身體看作是一種曼荼羅世界，這種思想正開始盛行。以上二種曼荼羅，筆者稱之為「內曼荼羅」，以便於與傳統的四種曼荼羅──「外曼荼羅」相對比。內曼荼羅在現代社會中，具有較受人注目的條件。
此外，關於曼荼羅的具體形態，共分有二種。一種如前所述，是在乾淨的地面或土壇上，使用色粉畫出平面圖形的土壇曼荼羅；另一種是畫在壁面或湯卡的曼荼羅，這種曼荼羅，在日本被稱為掛曼荼羅。
其中，經典和儀軌所說的是前者──土壇曼荼羅，這種曼荼羅在灌頂和護摩的儀式結束後，會被破壞，而不被珍惜。另一方面，在中國盛行木壇曼荼羅和繪於畫布的曼荼羅；而在日本，除了一部分使用於灌頂的敷曼荼羅之外，其餘都是禮拜成分極強的掛曼荼羅。
在拉達克，兩種曼荼羅都使用，但在這裏，主要要談的是壁畫曼荼羅。
(二)曼荼羅的構造
狹義解釋曼荼羅的時候，是以形像曼荼羅之中的大曼荼羅（尊像曼荼羅）為對象。以下，以西藏系的曼荼羅為例，來對曼荼羅的基本構造和意義加以考察。
因為曼荼羅是神聖世界的顯現，所以不能是無限定的空間。當然，也不是不採取任何形式。在這種情況下，所採取的基本形狀，是圓形和四方形（特別是正方形）的。這種傾向，並不是偶然的，從象徵主義的立場來看，它具有重要的意味。
首先，從「圓滿」的這種詞語可以得知圓形是圖形中最完整的。因此，曼荼羅（maṇ-ḍala）被當作形容詞使用時，具有「圓的」意思（有時候也以parimaṇdala一詞表現）。
以圖形的完整性而言，圓形佔首位；但正方形具有平面空間不可缺的四方，而且也暗示著發展、展開。又「四」這個數字，在日本與「死」的發音相同，因此常被忌諱使用；但在古代印度，從四聖諦、四天王這些字眼看來，「四」是一個好數字。
此外，在所有曼荼羅裏很少看到的圖形是三角形和半圓形。上述的四種圖形，都是為種種祈願而行護摩時，所用的土壇曼荼羅的形狀。也就是說，隨著祈願內容的差異，用色粉使壇上現出的曼荼羅的基本構造也不同，又在現代的拉達克等地，或西藏佛教流行之地，實際上，都是由僧侶們以數天的時間，做出優良的曼荼羅。
又，有關護摩修法的內容和曼荼羅的形狀，列表如下。
以上四種，稱為四種法，因所依據經軌的不同而多少有差異；大體上由於目的不同，畫在護摩爐上的形、色也不一致。圓形是用於息災（śāntika），而象徵發展的正四方形則用於增益（pauṣṭika）。
┌─────┬─────────┬────┐
│祈願的內容│護摩爐曼荼羅的形狀│顏 色│
├─────┼─────────┼────┤
│ 息 災 │ 圓 │ 白 │
├─────┼─────────┼────┤
│ 增 益 │ 方形 │ 黃 │
├─────┼─────────┼────┤
│ 敬 愛 │ 半圓 │ 赤 │
├─────┼─────────┼────┤
│ 調 伏 │ 三角 │黑（青）│
└─────┴─────────┴────┘
另一方面，若希望得到他人的敬愛（vaśi-karaṇa），則常使用半圓形。這或許是以象徵不完全、有殘缺的半圓意涵著希望達到完整的圓吧。又在文獻上，半圓也有稱為弓形的。三角形，在印度教的怛特羅派中，是被用來表示神力的揚特羅的重要圖形。但一般也有如「三角關係」的這種詞語，這種圖形予人強烈的力的流出的感覺。因此，祈願調伏（或降伏，abhicaraka）對方，則使用這種圖形。在實際的曼荼羅上，僅限於以荼吉尼（Ḍākini）等後期密教系的忿怒尊為主尊的曼荼羅是使用三角形的圖形。
其次，談具體的構造。西藏系的曼荼羅，大致而言，不例外的，都是以最外周的圓輪，將周圍分隔。理由之一︰是認為圓形最適宜表現佛的神聖世界。又這種圓輪，是由二重或三重構成；最外圍是燃燒著火焰的火輪，中間是由三鈷杵、五鈷杵構成的金剛杵圓輪，最內部是連續的繪著從內部呈放射狀的蓮瓣。
關於這些要素，在敘述曼荼羅的基本文獻之一的《法曼荼羅經》等，也曾言及；又上述的幾種圖所代表的意義，大抵有如下幾項︰
第一，最外周的火災輪，一般稱為火壁、火坑。這是為了防止外敵侵入內部，以結界來形成神聖的空間。所以，不論是實際的敵軍和毒蟲等的外敵，或是使我們內心的世界動搖的，內在的、精神的、內心的要素，都將它驅除出去，而固守住神聖的世界。
眾所周知，金剛杵（vajra）自古以來，是戰神因陀羅（Indra）的武器。有了火輪和金剛杵這兩樣有力的防備，曼荼羅的安全性可以得到保證。
又若詳細的說，在拉達克的阿爾齊袞巴大日堂，三層堂的曼荼羅是古式的曼荼羅，有火炎輪、金剛杵輪的二重構造；而阿爾齊袞巴新堂的曼荼羅，則在最內部繪上連續的蓮花瓣的蓮華輪和其他圖案的圓輪。
在此，要注意一件有趣的事，雖然也稱為曼荼羅，但見於日本的曼荼羅，沒有外圍的這些圖案。當然，少部分的曼荼羅也繪上金剛杵的連續圖樣，但大部分都只繪上諸佛菩薩，而沒有外圍的防禦。
這或許可以這麼推測︰日本的氣候非常溫暖，而且妨礙修行的障礙也不多。而炙熱之國的印度、酷寒之地的西藏等地，自然環境惡劣；因此，在實踐諸佛與眾生融合的曼荼羅行時，其困難超乎想像。因而，為了現出人為的聖域空間，結界乃成為重要的作業。而這些也都如實的反映在曼荼羅的圖像上。
相反的，日本雖然有颱風、地震，但仍不失為容易居住的國家。所以對經軌中所說的結界的要素，不會有切實的感受，因此，諸尊幾乎都是以無防備的姿態出現。
如果和火炎、金剛杵輪相比，蓮華輪的性質稍有不同。眾所皆知，在佛典中，以蓮華表示清淨；又是自古以來，為人所熟悉之「神祕的出生」的象徵。
曼荼羅是聖域的空間，同時也是現出「實在」的場所，這種情形與女性的神祕生產能力有共通性。因此，必然會產生《大日經》系的胎藏曼荼羅的概念。
八葉的蓮瓣和意義稍有不同的八輻輪，常出現於西藏系的曼荼羅。「八」是僅次於「四」的好數目；同時，也有認為八葉的蓮華象徵人的心臟。總之，蓮華也是曼荼羅圖像上的?垠n內涵之一，這是不能否定的。
其次，來談曼荼羅的內部。在三重或沒有蓮瓣輪的二重內輪的內部，通常是具有四方四門的正方形城閣建築，這種建築均衡的以垂直方向安立著。至於內部的尊像，有一種是頭部向上，取天地型式的構圖的古式樣；另一種是尊像自身呈放射狀配列的新樣式。
其中，從阿爾齊袞巴的曼荼羅都呈天地型的形式，而無上瑜伽密教系的曼荼羅常現放射狀的圖形看來，大抵可以判斷，有天地型的曼荼羅，歷史是較早的。無論是天地型或放射狀的曼荼羅，其城門的部分，一定是對稱的向外。在日本的曼荼羅，大部分都是天地型的；但東寺的敷曼荼羅，以及一部分用於灌頂的敷曼荼羅，則是頭向外的放射型。
其次，再來看門楣部分，在數層樓閣上方的兩側，有一拱形裝飾，兩隻撐著法輪的鹿，對面蹲於中央。這種圖案，不用說，當然是象徵釋尊在鹿野苑的初轉法輪。一般而言，釋尊的尊像出現在曼荼羅中，是出乎意料的少，而以這種象徵來表現初轉法輪，即是密教的特色之一。又根據前述的《法曼荼羅經》一書中所說，門的樓閣尺寸和最內輪有同一的規定，而這種規定，在拉達克地方的曼荼羅大致都忠實的遵守。
在四方形的城閣之上，掛著象徵吉利的、稱為八吉祥的幢幡（dhvaja）、傘蓋（chattra）、法螺貝（śaṅkha），上方又有美妙的飛天奏樂供養。這是將初期佛教以來的供養儀式，巧妙的融入曼荼羅之中。
又在置於四方位的門的內部，配上身著甲胄的四天王，或忿怒形的金剛界系的四攝菩薩，用以監視內在的或外在的魔侵入。在這種情況下，若是配上持國天等四天王來守護的本尊，即可稱之為傳統大乘佛教的顯教系諸尊（例如︰阿彌陀、藥師等）；而主尊若是密教系的諸尊（但無上瑜伽的情形稍有不同），則以忿怒形的四攝菩薩固守城門。這種圖像若以內曼荼羅來解釋，則如圖齊所說，城門的內部是意識的世界，外部是無意識的世界。又根據四門護尊的不同，可以從曼荼羅中看出顯教與密教的關係──佛教歷史展開的一端。
在城閣的內部，有幾種圖像的構造形式。以本尊為中心，眷屬呈同心圓狀的配列；有的有數重正方形，於最內部置本尊的圓輪。在最內部，也就是中心的圓輪，中央有本尊的八輻輪形式，將圓分為九等分的井字型。關於兩者的差異，現在能得到的線索不多。在日本，醍醐寺所藏的圖像之中，可以見到這種井字型的曼荼羅。
又，一般的情形，是在正方形城閣的內部，由二條交叉的對角線，區分成四等分，各部分塗以四種重要的顏色。關於這四色的意義，有種種說法；但筆者以為這應是與五佛、五部族同樣是瑜伽密教、無上瑜伽密教之中心教義的五色。
認為聖俗一致的瑜伽體驗，比絕對歸依的信仰更重要的密教，積極的利用色彩、歡娛以及佛教以前所否定的諸要素，作為集中自己的手段。
在曼荼羅的五色之中，除中央主尊之色之外，其餘的四色各配於固定的方位。例如︰取紅色的阿彌陀為本尊時，四方之色，除紅色之外，以四色表示。《大日經》甚至明白規定塗五色的順序。
根據對西藏系曼荼羅的研究，大抵可以這麼推測︰曼荼羅是一種把立體的世界縮小、且加以平面化的圖形。但究竟被平面化的是那種物體呢﹖關於這點，未有定論；不過，在此可以提出兩種看法。
第一種看法︰認為圖案上具有四門的四方形建築物，即是城寨、城閣。《大日經》系的胎藏曼荼羅，比較顯著的保留這種特色。城閣內部的空間，從宗教的象徵主義的立場來說，是聖域空間，因此與曼荼羅一致。又由城閣之上垂下半鬘（半圓狀的花飾），樓上高掛幢幡的這種供養情形，也可以在敦煌壁畫上看到。《法曼荼羅經》等文獻資料，也大致依此來解釋。但關於外周的圓形，則稍嫌說明不足。
第二種看法︰以中央有圓輪是必要條件來看。曼荼羅是平面化的佛塔，圓輪相當於覆鉢，周圍的四方形相當於基壇。佛塔確實是佛教最高的神聖世界，由圓形或正方形（凹凸的部分相當於門）構成的佛塔，常在犍陀羅、東印度的拉特那基利、藏西的拉達克、尼泊爾等地見到。而且，將最外圍的圓輪視為欄楯，也極為合適。但對不是圓形的曼荼羅，這又無法解釋。在目前的階段，尚無法對任何一種看法，做出正確的判斷；然而，在考察曼荼羅的構造和深義時，其起源之具有重要意義，是不能否定的。
〔參考資料〕 《給孤長者女得度因緣經》卷上；《大日經》卷三；《蘇悉地羯囉經》卷下；《一字奇特佛頂經》卷上；《不空羂索神變真言經》卷十六、卷十九；《有部毗奈耶出家事》卷一；《大日經疏》卷三、卷二十；《密宗儀軌與圖式》（《現代佛教學術叢刊》{74}）；松長有慶《密教の歷史》；吉祥真雄《曼荼羅圖說》。
(一)原指植物種子，借喻為現象生起之根據。即世間的種種行為在發生過後尚有餘勢潛在地存留著，並成為未來行為生起的原因，或影響未來的行為。換言之，初期佛教將促使善惡業及其果報連續不絕的潛在功能，譬喻為種子。部派佛教時代，經量部、化地部等部派，認為種子是支持人類生存的力量。大乘瑜伽行派則以之構成及維持阿賴耶識，並以之為生起現行的功能。此說為唯識思想之重要概念。
依唯識大乘所說，種子藏於阿賴耶識中，為生出現實（種子生現行）之原因，同時也是為現實所影響（現行熏種子）之結果，或為生出類似自身之種子（種子生種子）的原因。又，與種子有關之語，有習氣（vāsanā）與熏習。古時有所謂「煩惱習氣」，即指煩惱之餘勢，於唯識思想中，與種子為同一概念。熏習則指能生出種子、習氣，而給予影響之作用。因此說現行熏習種子而殘留習氣，習氣成為種子而生出新的現行。此外，種子有名言種子（依觀念、言語而生者，又稱等流習氣）、業種子（產生行為者，又稱異熟習氣）。又可區別為先天存在阿賴耶識中之本有種子，與後天為現象所熏習的新熏種子二種。
另據陳譯《攝大乘論釋》、《成唯識論》等書所述，一切種子必具六義。六義指︰(1)剎那滅，(2)果俱有，(3)恆隨轉，(4)性決定，(5)待眾緣，(6)引自果。
(二)密教興起之後，以梵字表記本尊，此梵字亦稱種子，又作種字。定佛、菩薩諸尊之種子，係取梵名或真言之首部，或取重要之字，或依義而定之。例如胎藏界大日如來的種子為「阿」（a），因代表大日如來之真言為a-vi-ra-nūṁ-khaṁ，又表不生之意（anutpāda），故取其第一字為代表。此外，文殊之種子取自梵號；地藏之種子取自其真言之中字。又，一尊之種子，有時亦為他尊所用。如阿彌陀佛的種子，亦是千手觀音的種子；胎藏界大日如來與火天的種子亦為同一梵字。除一尊各別之種子外，亦有共通於一類諸尊之種子，如忿怒部諸尊之種子，星宿諸尊之種子等即屬此類。
此種子亦是借草本種子為喻，總有攝持、引生二義，別有了因、生因、本有三義。攝持，表示一字中含藏無量法、無量義。引生，謂從一字引生微細之諸功德。了因，謂依種子觀而了悟佛智。生因，謂由種子產生三摩耶形等。本有，謂諸字門具自性之德，為諸法之根源。由於有此上諸義，故不限於諸尊，一切法門悉得建立種子。
此外，書寫種子之曼荼羅，稱為種子曼荼羅。依諸尊之種子而修觀行，稱之為種子觀。
◎附一︰霍韜晦〈唯識宗的種子〉（摘錄自《現代佛學大系》{54}）
唯識宗的種子觀念，是從植物種子（bīja）來的，以借喻現象生起的根據。不過最先提出這一觀念的不是唯識宗，而是經部（Saut-rāntika）。經部處理業的問題，認為業與果報的媒介物是思的種子，即由思的活動熏成。種子剎那相續，到成熟時，便生起名色果報。不過有關種子的貯存問題，經部並未了解到須有一底層意識的存在，所以只歸於色心互持。唯識宗起，始規定種子是「本識中親生自果功能差別」（《成唯識論》卷二），於是全部括入阿賴耶識中。根據世親（Vasubandhu，約西元五世紀）對阿賴耶識的規定，阿賴耶識是異熟識，它擁有一切種子。異熟是面對前生的善惡業，至今已化為現實存在的意思說的。「擁有一切種子」則是從它的內部構造上說。蓋阿賴耶識自身並無特殊內容，種子就是它的內容，所以賴耶和種子是一整體性的關係，不可分割。傳統的解釋，以賴耶為體，種子為用，又說種子是賴耶的相分（這主要是護法說，見《成唯識論》卷二），則如何由賴耶之一，生起種子之多﹖此亦有違種子六義中的引自果義（見下），所以不能把賴耶和種子分開。
由阿賴耶識的結構，進一步開出的就是賴耶緣起說。唯識宗以賴耶持種、待緣現行的觀念來交代客觀世界的生起，為此對於種子的性質、活動方式先予安立，這就是種子六義︰
(1)剎那滅︰種子在剎那中纔生即滅，而非常住。種子如此，則種子所生起的表相世界亦然。唯識宗以此概念來說明世界的無常義。
(2)果俱有︰種子與所生之現行（即表相）同時出現，現行還熏新種亦同時進行，三法展轉，因果同時。這是在剎那滅的觀點下建立因果關係。
(3)恆隨轉︰種子在第一剎那中纔生即滅，第二剎那種子再起，中無間隙，而前後兩種子相類。這是為了解釋現象的連貫性而建立。
(4)性決定︰種子的性質，如有漏、無漏、善、惡、無記等，與所生現行相同，現行與所熏生的種子亦相同。這是為了維持因果的一致性，若因果性質不同不可能相生。
(5)待眾緣︰種子起為現行，須待條件。蓋種子自身是因緣，但仍須等無間緣、所緣緣，及增上緣的牽引，始能生起。
(6)引自果︰每一種子只能生起自現行，而不會生起不同內容的現行。種瓜得瓜，種豆得豆。唯識宗認為︰通過此義，可使現象界的因果內容不亂。
由上述六義，可見唯識宗對於世界的構造問題是採取一種功能原子論的進路，把世界分解為片片表相，然後收入種子；種子與表相成為一一對應的關係。這種想法，最大的困難可能是多重表相結合以成一客觀對象的根據問題，種子自身顯然不能擔負這一功能。
其次，關於種子的來源，有本有種子（本性住種），亦有新熏種子（習所成種）。關於這一方面的討論，主要在解決成佛問題。因為從現實生命反溯，每一期阿賴耶識的存在都是前期善惡業的異熟，因復有因，實不能在時間上定一起點，所以無始時來都是新熏種，亦稱為習氣（vasana），由現行熏生。問題是，眾生修行實踐至見道位，無漏種子初起現行便不能無根而有，所以必須設定有本有的無漏種子以作交代。然而，從現實生命上想，無始時來阿賴耶識都是有漏種子的活動地方，則無漏種子的存在便不可能在內（依性決定義，有漏、無漏不相交涉），而只能是一種「寄存狀態」，待原有結構打散後，纔能接替有漏種子起現行，這也就是轉依。
其次，阿賴耶識貫通三世，前生的業與後生的存在如何關聯亦一問題。唯識宗說種子有兩種︰(1)名言種子，(2)業種子。名言種子負責生起（轉化）出整個我、法世界，所以它們是現實存在的根源。它們之所以稱為「名言」，是因為存在世界全部都可以用「名言」表達。於中復分兩類︰1.表義名言種子，由具體的語言現象熏生，唯第六意識有；2.顯境名言種子，由人的認識活動熏生，通前七識心、心所（但若從我、法世界的提供上說，八識種子都是名言種子）。至於業種子，則為決定引生來世名言種子的力量。人生各有不同的命運就是受業種子牽引。業種子由第六意識中的思心所發出善惡性的身、語、意業熏生，而貯存於阿賴耶識中，對來生的阿賴耶識的名言種子有牽引作用，所以阿賴耶識稱為異熟識。（《成唯識論述記》說異熟有三解︰(1)異時而熟，此顯因先果後；(2)異類而熟，業種子居因位時有善、惡性，至果位名言種子生起時是無記性，性質類別已有不同。因為這表示前期的善惡性到此已成熟，獲得酬報。此即傳統唯識家所說的「因通善惡、果唯無記」；(3)變異而熟，即由因轉化為果。）其實業種子與名言種子在體性上並無不同，若從其所熏生的種子能引生自現行，即作因緣義，便是名言種子；若只是牽引果位的其他的名言種子起現行，即作增上緣用，便是業種子。
依據上述，亦可以把名言種子生起的我、法現象的功能分開，於是有兩種習氣︰(1)名言習氣，這是總名；(2)我執習氣，特指產生自我觀念的種子（唯第六、七識有）。加上有支習氣（「有」，指欲界、色界、無色界，眾生存在的三大界域，也是輪迴的界域；「支」是支分義，即輪迴之各段，或「因」義，即輪迴之因。所以即是指業種子而言），便成三種。
此外，在名言種子中，又有共相種子與不共相種子之分。共相種子負責轉化出客觀世界（器世間），如山河、大地之類，由前生的共業種子引生；不共相種子負責轉化出個體生命（有根身），由前生的不共業種子引生。
◎附二︰侯外廬（等）〈種子、現行與熏習〉（摘錄自《中國思想通史》第四卷（上）第三章第三節）
唯識論者認為，顯現的、在當前的剎那間發生作用的現行之識，對於潛在之識是有影響的，這種影響便是所謂「熏習」。正和「種子」是由比喻得名一樣，「熏習」也是一種比喻的說法，它的涵義是︰現行之識把它的印象反映到潛在之識中，使潛在之識受到它的熏染，正如以香花熏油，使油也獲得花香一樣。就「現行」對「種子」的熏習而言，「種子」又名「習氣」。對這一比喻，窺基有如下的說明︰
「此種子者，習氣異名，習氣之法，必由熏有，如胡麻中所有香氣，華熏故生。西方欲作塗身香油，先以香華，和于苣蕂，聚之一處，令便極爛，後以明顯油，油遂香馥。」（《述記》卷十三）
關於「種子」的熏習，有三種說法︰一種說法是「種子」是本有的，「由熏習力，但可增長」；另一種說法是「種子」都由熏習而成；第三種說法是調和以上二說，認為「種子」有二類，一類是本有的，一類是由熏習而成，即所謂「習所成種」。這些說法是就「種子」的來源而言，但都一致承認「現行」對「種子」的熏習作用。
「種子」與「現行」的關係是「所熏」與「能熏」之間的依存關係，也正是第八識與七識之間的依存關係︰第八識是「所熏」，前七識是「能熏」。唯識論者論證︰只有第八識才能是「所熏」。第八識按其性能來說，乃是一種續而不深的意識，它的連續性，可以使它堅執「種子」，使「種子」受熏；它的不深而虛疏，又可以使它具有容納性，這是「所熏」的必要條件。一方面，第八識是「無記」的（即無善無惡之意，《成唯識論》卷三︰「此非善惡，故名無記」），因此可以接受具有善惡性的「種子」的熏染；另一方面，它的體性是虛疏的，因而「無所違逆，能容習氣」（同上，卷二），也就是說︰「體是虛疏，易可受熏，（中略）有虛疏故，可容種子。」（《述記》卷十四）「所熏」與「能熏」同具的條件，乃是二者之間的「同時同處，不即不離」，「如是能熏與所熏識俱生俱滅，熏習義成」（《成唯識論》卷二）。這是對第八識與七識的相互依存關係的進一步的界說。
由此出發，唯識論者對「種子」與「現行」的因果關係展開了錯綜的分析︰
(一)「種子」是識的潛在狀態，而「現行」的識乃是這種潛在的識的顯現，就二者的相對的因果關係來說，這種顯現乃是「種子」生「現行」，即「種子」是因，「現行」是果。窺基在《成唯識論掌中樞要》中寫道︰
「攝論第二卷，以種為因相，諸法因緣故；現行為果相，二種所生故。」
「二種」即「識種」（或名言種子）與「業種」，前者是無善無惡的，後者是有善有惡的。前者自身並不能單獨發生變化，只有在與後者相結合的條件下，才能變起「現行」。因此，嚴格說來，「識種」是因，「業種」是緣，「現行」是果。
「現行」由「種子」生起，但又反過來熏習「種子」，原來的「種子」被熏之後成為新種，就「現行」之識對受熏後處於新的狀態的潛在之識而言，這種轉變乃是「現行」生「種子」，「現行」是因，「種子」是果。
這樣，「種子」與「現行」相互更生，互為因果。在這種「種子」與「現行」相生的因果關係中，唯識論者提出兩個相互結合的觀念︰第一個觀念是因果同時，第二個觀念是異類相生。
「種子」與「現行」同時而有因果關係的觀念，是「能熏」與「所熏」、「同時同處，不即不離」的觀念的直接的推衍。今取有關文句略加檢證︰
「如隔念者︰非互相熏，能熏、所熏必俱時故。」（《成唯識論》卷三）
「有作是說，要種滅已，現果方生。（中略）有義彼說，為證不成，（中略）焰炷同時，互為因故，然種自類，因果不俱，種現相生，決定俱有。」（同上，卷四）
「測（圓測）云︰種現同時名俱現，必依一身名和合，故遮過，未及他身也。基（窺基）云︰現者，顯現、現在、現有三義名現，（中略）顯現簡第七，現在簡前後，現有簡假法。體是實有，成種子故。」（太賢《成唯識論學記》卷二）
「令所熏中種子生長，如熏苣蕂，故名熏習。能熏識等，從種生時，即能為因，復熏成種，三法展轉，因果同時，如炷生焰，焰生燋炷，亦如蘆束，更互相依，因果俱時，理不傾動。」（《成唯識論》卷二）
異類相生的觀念是︰作為因的「種子」與作為果的「現行」並不屬於一類。唯識論者認為，正因為「種子」與「現行」不屬於同類，所以能夠俱時而有。如《成唯識論》說︰「現種異類，互不相違，一身俱時，有能生用。」窺基釋︰「現行與種，各異類故，互不相違，於一身俱時現在，有能生用故。（中略）因果體性，不相似故，名為異類；不相違故，得同時有。」（《述記》卷十四）
(二)「種子」生起「現行」，「現行」又熏成「種子」，就新種與舊種的因果關係而言，乃是舊種生新種，即舊種為因，新種是果。同樣，「現行」熏成「種子」，「種子」又生起「現行」，就舊的「現行」與新起的「現行」的因果關係而言，乃是「現行」生「現行」，即舊的「現行」是因，新起的「現行」是果。在這種「種子」生「種子」、「現行」生「現行」的因果關係中，唯識論者也提出兩個互相結合的觀念︰第一個觀念是因果異時，第二個觀念是自類相生。
因果異時的觀念乃是由「種子」的「恒隨轉」的原理引申出來的，「種子」是連續而無間斷的，因而有前種與後種的「長時一類相續」。自類相生的觀念是指「種子」生「種子」、「現行」生「現行」，雖有前後剎那之別，但同屬一類，對此，窺基有如下的解釋︰種子望種，體性相似，名為同類，以相違故，不得俱時一身和合，即第五卷《瑜伽論》云︰「與他性為因。即種望現，亦與後念。自性為因，非即此剎那，此即是種，前後相生。（中略）現行望種，名為異類，雖亦熏種，後種未生果，故非無窮，於一剎那，無二現行。」（《述記》卷十四）總括說來，唯識論者所論「種子」與「現行」的因果關係可約為二類︰「種子」、「現行」相互之間異類俱時而生，「種子」、「現行」各自自類異時而生，合起來便是四種︰「種子」生「現行」、「現行」生「種子」、「種子」生「種子」、「現行」生「現行」。
這兩類因果雖交互相錯，但綜合在一起，便形成意識的恒轉如暴流的圖景︰既有剎那的前後生滅，又有永無窮盡的連續，既有「種子」與「現行」的意識流轉，又有二者各自相對的獨立發展。
唯識論者關於因果的學說，是他們的全部教義的核心。近人歐陽漸對於他們的繁瑣的論述甚至嘆為「俶詭陸離，不容思議」，並且說︰「設有問言唯識何事，應告之曰︰唯識事是因果事。」（《唯識講義》卷一）這樣說法，雖有誇大之嫌，但也並不是沒有根據的，因為唯識論是在八識的差別性的基礎上建立了八識的依存關係，在這種依存關係的基礎上描述了意識的恒轉，在這一具有內在的差別性與依存關係的意識之流中，概括出各種類型的因果的環鏈，在這裏，因果的環鏈也反過來集中地反映了八識的差別、依存與恒轉。通過「種子」與「現行」的範疇，執持「種子」的第八識與熏習「種子」的七種轉識的差別、依存與恒轉，在「能熏」與「所熏」的關係中得到最後的揭示︰通過熏習作用，「種子」與「現行」的遞嬗推移的意識之流又在因果關係中得到最後的揭示。所有這一切有機的聯結，我們不妨以《成唯識論》如下的一段文句作為印證︰
「阿賴耶識，為斷為常，非斷非常，以恒轉故。恒謂此識，無始時來，一類相續，常無間斷，是界趣生，施設本故。性堅持種，令不失故。轉謂此識，無始時來，念念生滅，前後變異，因滅果生，非常一故；可為轉識，熏成種故。恒言遮斷，轉表非常，猶如暴流，因果法爾。如暴流水，非斷非常，相續長時，有所漂溺；此識亦爾，從無始來，生滅相續，非常非斷，漂溺有情，令不出離。又如暴流，雖風等擊起諸波浪，而流不斷，此識亦爾，雖遇眾緣，起眼識等，而恒相續。（中略）謂此識性，無始時來，剎那剎那，果生因滅，果生故非斷，因滅故非常，非斷非常，是緣起理，故說此識恒轉如流。」（卷三）
這一段話是在形式的理論上具有合理核心的描述。在這裏，阿賴耶識本身也處於永恒的流變之中。但我們必須指出，唯識論是一種顛倒的理論，硬說各種轉識依著它不斷激起波浪，感覺、知覺以及一切思維活動都被捲入永恒流轉的意識的暴流，這就把主觀世界預為安放在完全自由的地位，而形成一種意志論。
唯識論者的因果論把因果當作意識之流的某種施設的環鏈來理解，而且把因果的環鏈放在普遍的依存與流轉的關係中來理解。（下略）
〔參考資料〕 舊譯《華嚴經》卷二十五〈十地品〉；《成實論》卷十一；《俱舍論》卷十九；《瑜伽師地論》卷二、卷二十一；《成唯識論》卷二；《順正理論》卷十二；《大日經疏》卷十、卷十七；《金剛頂瑜伽中略出念誦經》卷一；不空《仁王護國般若波羅蜜多經道場念誦儀軌》卷下；熊十力《佛家名相通釋》；印順《攝大乘論講記》、《唯識學探源》；雨曇〈唯識學上之種子義〉（《現代佛教學術叢刊》{25}）。
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