引自果
[法相辭典（朱芾煌）]此種子六義之一。成唯識論二卷十四頁云：六、引自果。謂於別別色心等果，各各引生，方成種子。此遮外道執唯一因，生一切果。或遮餘部執色心等，互為因緣。
（術語）四相之一。使法體於現在暫時安住，各行自果者。俱舍光記五曰：「至現在已住令彼用暫時安住各引自果故為住，若無住相諸法暫住應更不能引自果。」
（名數）一剎那滅義。謂眼耳鼻舌身意等諸種子，剎那纔生，生即隨滅，念念不停而變異也。二果俱有義。果者，識與根也。識與根同時俱起而成力用。如眼根照色境時，眼識即隨而同緣，於諸實境，分明顯了也。三恒隨轉義。識起時，種子亦隨而轉，如眼根照境時，種子隨而相續，無有間隔也。四性決定義。諸識所緣之善惡無記三性，無有間雜。如眼識緣惡境，則成惡法，而不能成善法，緣善境，則成善法，而不能成惡法也。五待眾緣義。識非為一因而生，必假眾緣而成就。眼識之種子空明，得根境等之緣而始顯發也。六引自果義。諸識各引自體果用，非是色心交互而成，如眼根照時，眼識即緣所對之實境，而不混聲香之別體也。見成唯識論二。
全稱緣起因門六義法。略稱因門六義。謂於諸法緣起上，作為「因」之法具有六義。此說原為華嚴宗二祖智儼所倡，後由門人法藏（華嚴宗三祖）承其說，而立此緣起因門六義法。法藏係依據十地經論、大乘阿毘達磨雜集論之說，及攝大乘論、成唯識論中之「種子六義」而立此說。
玆將因六義略述於下：(一)空有力不待緣，謂因之體性為空（以其無自性，故稱為空），具有引生果之全部力用，而不待（即不須借助）他緣之力以引生果者，稱為空有力不待緣。相當於種子六義中之「剎那滅義」。(二)空有力待緣，謂因之體性為空，雖具有引生果之力用，然尚須待（借助）他緣之力而引生果者，稱為空有力待緣。相當於種子六義中之「果俱有義」。(三)空無力待緣，謂因之體性為空，不具有引生果之力用，而必須借助他緣之力以引生果者，稱為空無力待緣。相當於種子六義中之「待眾緣義」。(四)有有力不待緣，謂因之體性為假有（本體不變，而隨緣示現之諸法，稱為假有），具有引生果之全部力用，而不須借助他緣之力以引生果者，稱為有有力不待緣。相當於種子六義中之「性決定義」。(五)有有力待緣，謂因之體性為假有，雖具有引生果之力用，然尚須借助他緣之力而引生果者，稱為有有力待緣。相當於種子六義中之「引自果義」。(六)有無力待緣，謂因之體性為假有，不具有引生果之力用，而必須借助他緣之力以引生果者，稱為有無力待緣。相當於種子六義中之「恆隨轉義」。
上述之因六義，可歸納為下列三種形式，即：(一)因有力不待緣，又作因生。即因之自體具有生果之全部力用（直接原因），而無須假借他緣之力（間接原因）者。(二)因無力待緣，又作緣生。即因之自體無有生果之力用，而必須假借他緣之力者。(三)因有力待緣，又作因緣生。即必須由因與緣兩方之力，才能生果者。此三種形式非全然有個別之義，惟其觀點不同而已。其實，此三種形式互含攝其全體，即謂「因生」時，其因含攝緣之全體；而謂「緣生」時，則緣奪因之全用，然其中亦含攝有因之義；又謂「因緣生」時，則因與緣二者俱存。蓋因之自體，非有實質性，此為空義；以其待緣而生故，是為有義。由此可知，因之自體具空、有二義，以上述三種形式各具空、有二義，而形成因之六義。
關於因六義所根據之論說，有十地經論卷八所舉之四種深觀，即：(一)非他作，自因生故。(二)非自作，緣生故。(三)非二作，但隨順生故，無知者故，作時不住故。(四)非無因作，隨順有故。及大乘阿毘達磨雜集論卷四之說（大三一‧七一二下）：「自種有故，不從他；待眾緣故，非自作；無作用故，非共生；有功能故，非無因。」此外，尚有攝大乘論及成唯識論中之「種子六義」說。表解如前頁。
蓋因六義乃華嚴宗擷取始教所謂之「種子六義」等說，轉用於終教所謂之如來藏思想上，而認為如來藏為萬有之因，具有六義，由此則可成立一乘無盡緣起之義。又因六義雖係根據「種子六義」等說而立，然其義理則與「種子六義」大異其趣，「種子六義」係就阿賴耶識而論，「因六義」則就真如之如來藏心而論，二者相異之處甚多。〔梁譯攝大乘論卷二、成唯識論卷二、華嚴五教章卷四、華嚴經搜玄記卷三下、華嚴五十要問答卷下〕（參閱「種子六義」5866） p2272
為華嚴宗所立「因六義」之一。係依準唯識宗「種子六義」中之「引自果義」而立。即諸法緣起之「因」，雖具有生果之力用，然尚須借他緣之助力以引生果，稱為有有力待緣。蓋諸法具有空、有二義，真如本體隨緣而顯現諸法，是為「有」之義，於生果有功能，是為有力；相待緣而生果，是為待緣。「因」即具備有、有力、待緣之義，故稱為有有力待緣。〔十地經論卷八、大乘阿毘達磨雜集論卷四、華嚴五教章卷四〕（參閱「因六義」2272） p2430
梵語 bīja，巴利語同。(一)如同穀類等之由其種子所生，色法（物質）與心法（精神）等一切現象亦有其產生之因種，稱為種子。穀類之種子稱為外種；對外之種子而言，唯識宗將種子攝於阿賴耶識中，稱為內種。內種子係指其生果功能而言（生果作用），乃為現行諸法（現在所顯現之諸現象）薰習於阿賴耶識中而形成一特殊之習性者，故又稱習氣或餘習。
種子之說，原為一種譬喻，最早見於雜阿含經。部派佛教中之化地部亦謂，於「窮生死蘊」之識中，常藏有色法與心法之種子；對此，經量部認為色法與心法互為種子而具有薰他之性質，故主張「色心互薰」之說。於瑜伽師地論中，立阿賴耶識為「種子識」，並謂此識能生色、心、善、惡等一切諸法，而藏有一切種子。
「種子」一詞，其後成為大乘唯識學重要術語之一。據成唯識論卷二之說，於阿賴耶識中，能同時生起七轉諸法現行之果，又具有令自類之種子前後相續不斷之功能；即能生一切有漏、無漏、有為等諸法之功能者，皆稱為種子。如同植物之種子，具有產生一切現象之可能性。種子藏於阿賴耶識中，前者（種子）為因、作用，後者（阿賴耶識）為果、本體。然種子自身並非一客體，而係一純粹之精神作用。
自類別而言，種子可分兩種：(一)能產生諸現象（眾生之迷界）者，稱為有漏種子。(二)能生菩提之因者，稱為無漏種子。有漏種子復可分為二類：(1)能產生與種子同種類之現象者，稱為名言種子、等流種子、等流習氣。(2)可幫助名言種子，以善惡業而產生異熟作用者（即具有產生當來有漏果之功能），稱為業種子、異熟種子、有支習氣、異熟習氣。上述之中，名言種子係一切諸法之「親因緣」種子，乃以名言為緣所薰成之種子，又分成表義名言與顯境名言兩種。表義名言種子，指於名言（名、句、文等）中詮表諸法之義者；第六識即緣此名言，隨其語言音聲而變現一切諸法之相狀，由之所薰成之種子。顯境名言種子，指緣前七識之見分（認識諸法相狀之作用）為境，隨緣所薰成之種子。若就現行所受用之情形而言，名言種子又有共相與不共相二種名言種子。共相名言種子，如日月、星辰、山河、大地等，舉凡可供自他共同受用者，是為共相；能生起此類共相境界之種子，皆稱為共相名言種子。自相名言種子，例如各人之身體，僅能供一己受用；能變現此等自相之種子，稱為自相名言種子。又就作用而言，共相與不共相之名言種子均由共業與不共業之業種子為之資助，始能招感其相，即共業種子資助共相種子，始能招感共相；不共業種子資助不共相種子，始能招感不共相。準此可知，大乘唯識之宗義，乃謂無論依報、正報等一切萬法皆由種子所變現者。
另據成唯識論卷二、梁譯攝大乘論釋卷二之說，種子具有六項條件，稱為種子六義，即：(一)剎那滅，由於無常而有生滅之變化。(二)果俱有，果者，識與根。識與根同時俱起，互不相離。(三)恆隨轉，識起時，種子亦隨而轉動，無有間隔。(四)性決定，諸識所緣之善、惡等性，必有因果，而無有間雜，譬如眼識緣惡境則成惡法而不能成善法。(五)待眾緣，識非為一因而生，必藉外緣方能產生現行。(六)引自果，色（物質）與心各自引生自果，色法由色法之種子所生，心法由心法之種子所生，並非交互而成者。
至於種子生起之情形，依歷來各種主張，可歸納為三說：(一)本有說，護月之主張，稱為「本有家」。(二)新薰說，難陀、勝軍之主張，稱為「新薰家」。(三)新舊合生說，護法之主張，稱為「新舊合生家」。唯識宗係以第三說為正說，即認為種子有二類：(一)本有種子，即自無始以來，先天存在於阿賴耶識中之種子，又稱本性住種。(二)新薰種子，即由後天現行諸法所薰習成之種子，又稱習所成種。諸法之發生，除初入「見道」剎那之無漏智，僅從本有無漏種子生起外，其餘一切法無不由本有、新薰二類種子和合而生。蓋唯識宗對於由「種子」變現成「諸法」之關係，最重要者即為：由「三法」所構成的「二重」因果說。所謂三法，即指「能生之種子」（本有種子）、「所生之現行」、「所薰之新種」（新薰種子）；所謂二重因果，即指「種子生現行」、「現行薰因種子」。此三法同時輾轉互成二重之果，即一種子既為同一剎那間之「現行之因」，亦為後一剎那之「種子之果」，故又可稱為「種子生種子」。當色、心之諸緣和合時，阿賴耶識所持之種子必令當前之外界產生某種現象，此即「生起現行」；於同一剎那，其現行之法必隨所應而薰種子，此即現行薰種子。就八識而論之，則第八識所持之種子為因，生起眼等之七轉識；同一剎那，七轉識之現行法亦為因，而生起第八識之種子，故有所謂「七轉、八識，互為因果」之說。
此外，唯識宗之另一宗義「五姓各別」說，乃依據本有無漏種之種別及其有無等問題而建立者，即主張一切有情眾生自本有以來即具有聲聞種姓、獨覺種姓、如來種姓、不定種姓、無性有情等五種不同之類型，各有所別，而不可轉變改易；此一主張相對於一乘家「眾生悉有佛性」之說。〔解深密經卷二、俱舍論卷四、卷五、瑜伽師地論卷五、卷五十一、卷五十二、顯識論、顯揚聖教論卷十七、成唯識論述記卷七末、瑜伽論記卷十三上、卷十三下〕
(二)密教中，表示佛、菩薩等諸尊所說真言之梵字。乃真言行者修字輪觀時所觀照者。又作種字、種子字。所以稱種子者，乃因其具有「自一字可生多字，多字復可賅攝於一字」之意。故知「種子」一詞，含有引生、攝持之義。例如合十字為一句，若以第一字為種子，則可依之引生下面九字所具有之觀智，同時此九字之意義亦可攝入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能於一字專注行觀，修諸行願，即能於一切行願皆得圓滿。
一般而言，種子具有三義，即：(一)了因義，譬如由煙而識火之體性；經由觀種子之字門，即可了知佛智。(二)生因義，譬如由穀類等之種子可生出根莖花果等；由種子可生三昧耶形。(三)本有義，意謂字門即諸法之根源，具足本來之性德，而可作為軌範者。以具足上述三義，故密教諸尊多以之為表徵。
諸尊之種子，就來源而言，有下列數種：(一)較常見者，多採取真言之第一字，例如胎藏界大日如來之種子為 ，月天之種子為 ，水天之種子為 。(二)以真言之中字為種子者，如地藏之種子 。(三)亦有採用真言之終字為種子者，如金剛界大日如來之種子 ，釋迦之種子 。(四)取梵號以為種子者，如文殊之種子 ，藥師之種子 。(五)取自與本誓相應之用語，如聖觀音之種子 ，係取自 samantamukha（普門）一語。(六)真言與梵號並取者，如阿彌陀佛之種子 。
除一尊各別之種子外，另有共通於此類諸尊之種子，稱為通種子，例如金剛界五部，各以其主尊（大日、阿閦、寶生、彌陀、不空成就）之種子為其各部之通種子。又種子並不限於諸尊所用，一切法門悉得建立種子，如五大各有其種子：地之種子為 （阿字門），水為 （縛字門），火為 （囉字門），風為 （訶字門），空為 （佉字門）。此外，書寫種子之曼荼羅，稱為種子曼荼羅；以種子觀行，則稱種子觀。歷來有將密教經軌中諸尊之種子輯錄成諸尊種子真言集、種子集等。〔仁王經道場念誦儀軌卷下、大日經疏卷一、卷六、卷十、卷十四〕 p5863
唯識宗謂諸法之種子各有本有、始起二類，而種子須具備之六項條件，稱為種子六義。據成唯識論卷二、梁譯攝大乘論釋卷二等載，即：(一)剎那滅義，謂眼、耳、鼻、舌、身、意等諸識種子，一念纔生，生則隨滅，念念不停，剎那變異。(二)果俱有義，果即識與根，謂識與根同時俱起，以成力用。如眼根照色境時，眼識隨即同緣，於諸實境分明顯了。耳鼻舌身意亦同。(三)恆隨轉義，謂眼耳等諸識起時，種子隨轉。如眼根照境時，眼識種子隨即相續，無有間隔。(四)性決定義，謂諸識各各所緣善、惡、無記等三性，無有間雜。如眼識緣惡境，則成惡法，不能成善法；緣善境，則成善法，不能成惡法；若緣無記，則不能成善惡二法。(五)待眾緣義，謂諸識之種子非緣一因而生，必假眾緣而後成就。如眼識之種子須得空（無壅塞、不障礙）、明（亮光）、根、境等眾緣，方得顯發。(六)引自果義，謂諸識各引自體果用，非是色、心交互而成。如眼根照境時，眼識即緣所對之實境，而不混於聲、香等別體。
瑜伽師地論卷五謂「因」有七相，即無常法為因、與他性為因及與後自性為因、已生未滅為因、得餘緣為因、成變異為因、與功能相應為因、相稱相順為因。成唯識論掌中樞要卷上末，以此七相相當於上記之種子六義。玆將二者對應之關係，列表如下。〔攝大乘論本卷上、攝大乘論無性釋卷二、攝大乘論世親釋卷二、成唯識論述記卷三本、成唯識論了義燈卷三、成唯識論演祕卷三本〕 p5866
唯識學用語。指七轉識與第八識之互為因果。所謂七轉識是指眼、耳、鼻、舌、身、意、末那等七識。第八識即阿賴耶識。
七轉識中每一識與第八識，於能生、所生及能薰、所薰之情況下，皆互為因果。在能生、所生是種子生現行之關係時，第八識為能生之因，七轉識為所生之果。另外，在能薰、所薰是現行薰種子的關係時，七轉識為能薰之因，第八識為所薰之果。但此等因果俱屬同時，而非異時。《成唯識論》卷二（大正31‧8c）︰
「如契經說︰諸法於識藏，識於法亦爾，更互為果性，亦常為因性。此頌意言︰阿賴耶識與諸轉識，於一切時展轉相生互為因果。攝大乘說︰阿賴耶識與雜染法互為因緣，如炷與焰展轉生燒，又如束蘆互相依住。唯依此二建立因緣。」
有關「七轉第八互為因果」之說，本來因緣是以親辦自果，自體辦生為名，其實轉識與賴耶有各別之識體。亦即︰轉識之現行由轉識之自種所生，並非由第八之種子轉識而生。因此，轉識對賴耶的關係，並非種子生現行的因緣。此外，轉識可通善、惡、無記三性；賴耶只限於無記，並不可能有「性決定」之義，兩者既為異類之法，為何又有「引自果」之義﹖若是此等義理不成立，又如何成立現行薰種子之因緣﹖此實為唯識中之疑難。此下擬綜合各家之說稍加論列。
先就種子生現行之因果而言。種子者，本是第八自體分，生果之用，故雖是轉識之自種，仍名為種子賴耶，並非藏識賴耶。亦即種子為識之用，攝用歸體，將賴耶作為轉識之因。而種子與現行之因緣總有二門，一為增上緣門，二為親因緣門。增上緣為持種之自體分，親因緣是所持之自種。二門雖有差別，但若自體分不施力，自種不可能獨自生果。是故，若非自種，即無自體辦生之義。畢竟二門不離，種子生現行之因緣成立。
其次，就現行薰種子之因緣而言，必先確認︰第八絕非能薰；轉識亦絕非所薰。是故第八識之新種，並非第八自薰，而是轉識所薰。亦即第八識為前六、七識所緣，因此約此相分薰而有因緣之義，故於性決定、引自果之義全然無缺。因為相分依本質而言，收於第八識，若隨能緣而言，收於轉識。故依本質觀之，相分能薰習賴耶之種子，而具引自果之義。另外，依本質觀之，無覆之相分，薰習無覆之種子，正是性決定之義。是故現行薰種子之因緣亦有二門︰能薰之體是轉識之自體分，即增上緣；親辦自果之用是相分，即親因緣。雖暫分屬二門，但轉識之自體分若不施力，相分不可能獨生自種；若非相分，亦絕無自體辦生之義。畢竟二門不離，現行薰種子之因緣成立。
然而轉識不止薰成自種，亦可薰成第八識之新種。如或不然，以薰習轉識之自種，對望賴耶為因緣，則有兩法由同種而生之過失。是故將轉識對望賴耶，稱為現行薰種子之因緣時，唯有對望薰第八之種子，方得名為因緣。若薰習自種，是轉識對轉識之因緣，而非對賴耶。然此尚有疑難存在，即轉識作用於第八時，所變現之相分，是轉識之相分，而非第八識本身，既屬異類異性，又為何以彼為親因緣﹖若依本質，名第八識，異熟無記之法則非能薰，故不能名為能薰。通盤而言，就所非難之各點而論，相分雖自無力，但可蒙自體分之力，使相分薰習種子。故彼相分依本質，而名無覆無記之阿賴耶識，以論親辦自果之義。
要言之，互為因果中，由第八識對望轉識，來討論種子生現行的因果時，能生之種子雖為轉識與自種，但第八識所持之種子，皆是第八識自體分之生果作用。故攝用歸體，以第八識為因，而轉識為果。若由轉識對望第八識，來討論現行薰種子之因果時，轉識作用於第八識，所緣之相分，依本質看，是以相分所薰而論因果，並非由轉識所薰之自種而論。如此，於互為因果的關係，來討論轉識之自種，於能生時，攝用歸體，是為第八識之自體分。於所薰時，是當作轉識之自種而薰習，並非第八識之自體。
〔參考資料〕 《唯識論述記》卷三（本）；《唯識論了義燈》卷三；《唯識論同學鈔》卷二之四。
華嚴宗法界緣起論之要義。華嚴宗認為，由緣起而引生萬法之因有六意義。詳稱「緣起因門六義法」，略稱「因六義」。此六義之內容略述如下︰
(1)空有力不待緣︰謂諸法緣起之因，係念念生滅，無自性，故其體為空。生滅同念，而不生不滅之生滅則由滅而有生，即由滅故，能為因而引生果，故謂有力。此滅乃任運而自謝滅，不須借助其他緣力即能生果，故謂不待他緣。總言之，即可成為因之法，其體空，但生果之力完全在此而不待其他緣力。《華嚴五教章》卷四云（大正45‧502a）︰「由剎那滅故，即顯無自性，是空也。由此滅故，果法得生，是有力也。然此謝滅非由緣力，故云不待緣也。」
此空有不待緣與種子六義中的「剎那滅義」相似，故借剎那滅之義說明空有不待緣。
(2)空有力待緣︰係依準種子六義中的「果俱有」之義而立。意謂諸法緣起之因，其體雖空，但有力用，與緣相待而生果。《華嚴五教章》卷四云（大正45‧502a）︰「由俱有故方有，即顯是不有，是空義也。俱故能成有，是有力也。俱故非孤，是待緣也。」
(3)空無力待緣︰係依準種子六義中的「待眾緣」之義而立。指諸法緣起之因，其體性為空，無生果之力用，須待他緣之力始可生果。《華嚴五教章》卷四云（大正45‧502a）︰「三者是待眾緣義，何以故﹖由無自性故，是空也。因不生緣生故，是無力也。即由此義故，是待緣也。」
(4)有有力不待緣︰係依種子六義中的「性決定義」而立。指諸法緣起之因，其體為假有，生果之力用完全在此，而不待他緣之力。就如來藏而言，如來藏之體不變，如波之體全為水，故謂有。其體不變而隨緣顯現諸法，恰如淨鏡之現萬象，故云有力。其體不變，以因為全有力，不借助他緣之力即能引生諸法，故謂不待緣。
(5)有有力待緣︰係依種子六義中的「引自果」之義而立。指諸法緣起之因，其體假有，雖具有引生果之力用，尚須與緣相待而引生果。《華嚴五教章》卷四云（大正45‧502a）︰「由引現自果是有力義，雖待緣方生，然不生緣果，是有力義，即由此故，是待緣義。」
此猶如來藏之因，由無明之緣而隨緣生自果，稱為有有力；須借無明，是為待緣。
(6)有無力待緣︰係依種子六義中的「恒隨轉」之義而立。指諸法緣起之因，其體假有，所生之結果必是待緣，即生果之力用完全屬緣。因無力而待緣，故稱有無力待緣。以如來藏而言，一切法如駛流，如來藏於無始已來恆隨逐無明而生果，故是有。而無力又隨逐，是無力待緣。《華嚴五教章》卷四云（大正45‧502a）︰「由隨他故不可無，不能違緣故無力用，即由此故是待緣也。」
此因門六義之說，原是華嚴宗二祖智儼所倡，其後，門人法藏（賢首）承之，依據《十地論》卷八、《雜集論》卷四之說，以及《攝大乘論》、《成唯識論》所說的種子六義而立。
華嚴教義之特點在於就體之空有說相即，又就用之有力、無力說相入。換句話說，其特點在就諸法之體用巧論相即相入無礙圓融。依此而言，所謂因門六義，即就用之相入而論因、緣之有力無力。因此，因門六義之名雖以法相宗種子六義為準，然二者義理實大相逕庭。茲舉二宗主要相異之處如下︰
(1)法相宗所謂種子六義，乃就有為生滅之阿賴耶識而論，與真如法性之如來藏心全無交涉；又所謂有為無為永別，亦但就有為事相而論。但是，華嚴宗所謂因門六義，乃就如來藏心不守自性隨緣之所而論。
(2)法相宗就有為種子談六義，而不談空。但是，華嚴宗於因之上立空有而論六義。
(3)法相宗所說之種子六義，六義缺一不可，否則不能成為種子。華嚴宗之六義則舉一全收，雖定為六義，舉一即備其他五者。
除上述三點之外，前者僅限於第八阿賴耶識，不通其餘七轉識，然華嚴宗謂一切諸法皆如來藏隨緣法，別無自性，故皆具足此六義。
〔參考資料〕 陳譯《攝大乘論》卷二；《成唯識論》卷二；《華嚴經搜玄記》卷三（下）；《華嚴五十問答》卷下；《華嚴五教章義苑疏》卷九；《華嚴五教章復古記》卷五。
(一)原指植物種子，借喻為現象生起之根據。即世間的種種行為在發生過後尚有餘勢潛在地存留著，並成為未來行為生起的原因，或影響未來的行為。換言之，初期佛教將促使善惡業及其果報連續不絕的潛在功能，譬喻為種子。部派佛教時代，經量部、化地部等部派，認為種子是支持人類生存的力量。大乘瑜伽行派則以之構成及維持阿賴耶識，並以之為生起現行的功能。此說為唯識思想之重要概念。
依唯識大乘所說，種子藏於阿賴耶識中，為生出現實（種子生現行）之原因，同時也是為現實所影響（現行熏種子）之結果，或為生出類似自身之種子（種子生種子）的原因。又，與種子有關之語，有習氣（vāsanā）與熏習。古時有所謂「煩惱習氣」，即指煩惱之餘勢，於唯識思想中，與種子為同一概念。熏習則指能生出種子、習氣，而給予影響之作用。因此說現行熏習種子而殘留習氣，習氣成為種子而生出新的現行。此外，種子有名言種子（依觀念、言語而生者，又稱等流習氣）、業種子（產生行為者，又稱異熟習氣）。又可區別為先天存在阿賴耶識中之本有種子，與後天為現象所熏習的新熏種子二種。
另據陳譯《攝大乘論釋》、《成唯識論》等書所述，一切種子必具六義。六義指︰(1)剎那滅，(2)果俱有，(3)恆隨轉，(4)性決定，(5)待眾緣，(6)引自果。
(二)密教興起之後，以梵字表記本尊，此梵字亦稱種子，又作種字。定佛、菩薩諸尊之種子，係取梵名或真言之首部，或取重要之字，或依義而定之。例如胎藏界大日如來的種子為「阿」（a），因代表大日如來之真言為a-vi-ra-nūṁ-khaṁ，又表不生之意（anutpāda），故取其第一字為代表。此外，文殊之種子取自梵號；地藏之種子取自其真言之中字。又，一尊之種子，有時亦為他尊所用。如阿彌陀佛的種子，亦是千手觀音的種子；胎藏界大日如來與火天的種子亦為同一梵字。除一尊各別之種子外，亦有共通於一類諸尊之種子，如忿怒部諸尊之種子，星宿諸尊之種子等即屬此類。
此種子亦是借草本種子為喻，總有攝持、引生二義，別有了因、生因、本有三義。攝持，表示一字中含藏無量法、無量義。引生，謂從一字引生微細之諸功德。了因，謂依種子觀而了悟佛智。生因，謂由種子產生三摩耶形等。本有，謂諸字門具自性之德，為諸法之根源。由於有此上諸義，故不限於諸尊，一切法門悉得建立種子。
此外，書寫種子之曼荼羅，稱為種子曼荼羅。依諸尊之種子而修觀行，稱之為種子觀。
◎附一︰霍韜晦〈唯識宗的種子〉（摘錄自《現代佛學大系》{54}）
唯識宗的種子觀念，是從植物種子（bīja）來的，以借喻現象生起的根據。不過最先提出這一觀念的不是唯識宗，而是經部（Saut-rāntika）。經部處理業的問題，認為業與果報的媒介物是思的種子，即由思的活動熏成。種子剎那相續，到成熟時，便生起名色果報。不過有關種子的貯存問題，經部並未了解到須有一底層意識的存在，所以只歸於色心互持。唯識宗起，始規定種子是「本識中親生自果功能差別」（《成唯識論》卷二），於是全部括入阿賴耶識中。根據世親（Vasubandhu，約西元五世紀）對阿賴耶識的規定，阿賴耶識是異熟識，它擁有一切種子。異熟是面對前生的善惡業，至今已化為現實存在的意思說的。「擁有一切種子」則是從它的內部構造上說。蓋阿賴耶識自身並無特殊內容，種子就是它的內容，所以賴耶和種子是一整體性的關係，不可分割。傳統的解釋，以賴耶為體，種子為用，又說種子是賴耶的相分（這主要是護法說，見《成唯識論》卷二），則如何由賴耶之一，生起種子之多﹖此亦有違種子六義中的引自果義（見下），所以不能把賴耶和種子分開。
由阿賴耶識的結構，進一步開出的就是賴耶緣起說。唯識宗以賴耶持種、待緣現行的觀念來交代客觀世界的生起，為此對於種子的性質、活動方式先予安立，這就是種子六義︰
(1)剎那滅︰種子在剎那中纔生即滅，而非常住。種子如此，則種子所生起的表相世界亦然。唯識宗以此概念來說明世界的無常義。
(2)果俱有︰種子與所生之現行（即表相）同時出現，現行還熏新種亦同時進行，三法展轉，因果同時。這是在剎那滅的觀點下建立因果關係。
(3)恆隨轉︰種子在第一剎那中纔生即滅，第二剎那種子再起，中無間隙，而前後兩種子相類。這是為了解釋現象的連貫性而建立。
(4)性決定︰種子的性質，如有漏、無漏、善、惡、無記等，與所生現行相同，現行與所熏生的種子亦相同。這是為了維持因果的一致性，若因果性質不同不可能相生。
(5)待眾緣︰種子起為現行，須待條件。蓋種子自身是因緣，但仍須等無間緣、所緣緣，及增上緣的牽引，始能生起。
(6)引自果︰每一種子只能生起自現行，而不會生起不同內容的現行。種瓜得瓜，種豆得豆。唯識宗認為︰通過此義，可使現象界的因果內容不亂。
由上述六義，可見唯識宗對於世界的構造問題是採取一種功能原子論的進路，把世界分解為片片表相，然後收入種子；種子與表相成為一一對應的關係。這種想法，最大的困難可能是多重表相結合以成一客觀對象的根據問題，種子自身顯然不能擔負這一功能。
其次，關於種子的來源，有本有種子（本性住種），亦有新熏種子（習所成種）。關於這一方面的討論，主要在解決成佛問題。因為從現實生命反溯，每一期阿賴耶識的存在都是前期善惡業的異熟，因復有因，實不能在時間上定一起點，所以無始時來都是新熏種，亦稱為習氣（vasana），由現行熏生。問題是，眾生修行實踐至見道位，無漏種子初起現行便不能無根而有，所以必須設定有本有的無漏種子以作交代。然而，從現實生命上想，無始時來阿賴耶識都是有漏種子的活動地方，則無漏種子的存在便不可能在內（依性決定義，有漏、無漏不相交涉），而只能是一種「寄存狀態」，待原有結構打散後，纔能接替有漏種子起現行，這也就是轉依。
其次，阿賴耶識貫通三世，前生的業與後生的存在如何關聯亦一問題。唯識宗說種子有兩種︰(1)名言種子，(2)業種子。名言種子負責生起（轉化）出整個我、法世界，所以它們是現實存在的根源。它們之所以稱為「名言」，是因為存在世界全部都可以用「名言」表達。於中復分兩類︰1.表義名言種子，由具體的語言現象熏生，唯第六意識有；2.顯境名言種子，由人的認識活動熏生，通前七識心、心所（但若從我、法世界的提供上說，八識種子都是名言種子）。至於業種子，則為決定引生來世名言種子的力量。人生各有不同的命運就是受業種子牽引。業種子由第六意識中的思心所發出善惡性的身、語、意業熏生，而貯存於阿賴耶識中，對來生的阿賴耶識的名言種子有牽引作用，所以阿賴耶識稱為異熟識。（《成唯識論述記》說異熟有三解︰(1)異時而熟，此顯因先果後；(2)異類而熟，業種子居因位時有善、惡性，至果位名言種子生起時是無記性，性質類別已有不同。因為這表示前期的善惡性到此已成熟，獲得酬報。此即傳統唯識家所說的「因通善惡、果唯無記」；(3)變異而熟，即由因轉化為果。）其實業種子與名言種子在體性上並無不同，若從其所熏生的種子能引生自現行，即作因緣義，便是名言種子；若只是牽引果位的其他的名言種子起現行，即作增上緣用，便是業種子。
依據上述，亦可以把名言種子生起的我、法現象的功能分開，於是有兩種習氣︰(1)名言習氣，這是總名；(2)我執習氣，特指產生自我觀念的種子（唯第六、七識有）。加上有支習氣（「有」，指欲界、色界、無色界，眾生存在的三大界域，也是輪迴的界域；「支」是支分義，即輪迴之各段，或「因」義，即輪迴之因。所以即是指業種子而言），便成三種。
此外，在名言種子中，又有共相種子與不共相種子之分。共相種子負責轉化出客觀世界（器世間），如山河、大地之類，由前生的共業種子引生；不共相種子負責轉化出個體生命（有根身），由前生的不共業種子引生。
◎附二︰侯外廬（等）〈種子、現行與熏習〉（摘錄自《中國思想通史》第四卷（上）第三章第三節）
唯識論者認為，顯現的、在當前的剎那間發生作用的現行之識，對於潛在之識是有影響的，這種影響便是所謂「熏習」。正和「種子」是由比喻得名一樣，「熏習」也是一種比喻的說法，它的涵義是︰現行之識把它的印象反映到潛在之識中，使潛在之識受到它的熏染，正如以香花熏油，使油也獲得花香一樣。就「現行」對「種子」的熏習而言，「種子」又名「習氣」。對這一比喻，窺基有如下的說明︰
「此種子者，習氣異名，習氣之法，必由熏有，如胡麻中所有香氣，華熏故生。西方欲作塗身香油，先以香華，和于苣蕂，聚之一處，令便極爛，後以明顯油，油遂香馥。」（《述記》卷十三）
關於「種子」的熏習，有三種說法︰一種說法是「種子」是本有的，「由熏習力，但可增長」；另一種說法是「種子」都由熏習而成；第三種說法是調和以上二說，認為「種子」有二類，一類是本有的，一類是由熏習而成，即所謂「習所成種」。這些說法是就「種子」的來源而言，但都一致承認「現行」對「種子」的熏習作用。
「種子」與「現行」的關係是「所熏」與「能熏」之間的依存關係，也正是第八識與七識之間的依存關係︰第八識是「所熏」，前七識是「能熏」。唯識論者論證︰只有第八識才能是「所熏」。第八識按其性能來說，乃是一種續而不深的意識，它的連續性，可以使它堅執「種子」，使「種子」受熏；它的不深而虛疏，又可以使它具有容納性，這是「所熏」的必要條件。一方面，第八識是「無記」的（即無善無惡之意，《成唯識論》卷三︰「此非善惡，故名無記」），因此可以接受具有善惡性的「種子」的熏染；另一方面，它的體性是虛疏的，因而「無所違逆，能容習氣」（同上，卷二），也就是說︰「體是虛疏，易可受熏，（中略）有虛疏故，可容種子。」（《述記》卷十四）「所熏」與「能熏」同具的條件，乃是二者之間的「同時同處，不即不離」，「如是能熏與所熏識俱生俱滅，熏習義成」（《成唯識論》卷二）。這是對第八識與七識的相互依存關係的進一步的界說。
由此出發，唯識論者對「種子」與「現行」的因果關係展開了錯綜的分析︰
(一)「種子」是識的潛在狀態，而「現行」的識乃是這種潛在的識的顯現，就二者的相對的因果關係來說，這種顯現乃是「種子」生「現行」，即「種子」是因，「現行」是果。窺基在《成唯識論掌中樞要》中寫道︰
「攝論第二卷，以種為因相，諸法因緣故；現行為果相，二種所生故。」
「二種」即「識種」（或名言種子）與「業種」，前者是無善無惡的，後者是有善有惡的。前者自身並不能單獨發生變化，只有在與後者相結合的條件下，才能變起「現行」。因此，嚴格說來，「識種」是因，「業種」是緣，「現行」是果。
「現行」由「種子」生起，但又反過來熏習「種子」，原來的「種子」被熏之後成為新種，就「現行」之識對受熏後處於新的狀態的潛在之識而言，這種轉變乃是「現行」生「種子」，「現行」是因，「種子」是果。
這樣，「種子」與「現行」相互更生，互為因果。在這種「種子」與「現行」相生的因果關係中，唯識論者提出兩個相互結合的觀念︰第一個觀念是因果同時，第二個觀念是異類相生。
「種子」與「現行」同時而有因果關係的觀念，是「能熏」與「所熏」、「同時同處，不即不離」的觀念的直接的推衍。今取有關文句略加檢證︰
「如隔念者︰非互相熏，能熏、所熏必俱時故。」（《成唯識論》卷三）
「有作是說，要種滅已，現果方生。（中略）有義彼說，為證不成，（中略）焰炷同時，互為因故，然種自類，因果不俱，種現相生，決定俱有。」（同上，卷四）
「測（圓測）云︰種現同時名俱現，必依一身名和合，故遮過，未及他身也。基（窺基）云︰現者，顯現、現在、現有三義名現，（中略）顯現簡第七，現在簡前後，現有簡假法。體是實有，成種子故。」（太賢《成唯識論學記》卷二）
「令所熏中種子生長，如熏苣蕂，故名熏習。能熏識等，從種生時，即能為因，復熏成種，三法展轉，因果同時，如炷生焰，焰生燋炷，亦如蘆束，更互相依，因果俱時，理不傾動。」（《成唯識論》卷二）
異類相生的觀念是︰作為因的「種子」與作為果的「現行」並不屬於一類。唯識論者認為，正因為「種子」與「現行」不屬於同類，所以能夠俱時而有。如《成唯識論》說︰「現種異類，互不相違，一身俱時，有能生用。」窺基釋︰「現行與種，各異類故，互不相違，於一身俱時現在，有能生用故。（中略）因果體性，不相似故，名為異類；不相違故，得同時有。」（《述記》卷十四）
(二)「種子」生起「現行」，「現行」又熏成「種子」，就新種與舊種的因果關係而言，乃是舊種生新種，即舊種為因，新種是果。同樣，「現行」熏成「種子」，「種子」又生起「現行」，就舊的「現行」與新起的「現行」的因果關係而言，乃是「現行」生「現行」，即舊的「現行」是因，新起的「現行」是果。在這種「種子」生「種子」、「現行」生「現行」的因果關係中，唯識論者也提出兩個互相結合的觀念︰第一個觀念是因果異時，第二個觀念是自類相生。
因果異時的觀念乃是由「種子」的「恒隨轉」的原理引申出來的，「種子」是連續而無間斷的，因而有前種與後種的「長時一類相續」。自類相生的觀念是指「種子」生「種子」、「現行」生「現行」，雖有前後剎那之別，但同屬一類，對此，窺基有如下的解釋︰種子望種，體性相似，名為同類，以相違故，不得俱時一身和合，即第五卷《瑜伽論》云︰「與他性為因。即種望現，亦與後念。自性為因，非即此剎那，此即是種，前後相生。（中略）現行望種，名為異類，雖亦熏種，後種未生果，故非無窮，於一剎那，無二現行。」（《述記》卷十四）總括說來，唯識論者所論「種子」與「現行」的因果關係可約為二類︰「種子」、「現行」相互之間異類俱時而生，「種子」、「現行」各自自類異時而生，合起來便是四種︰「種子」生「現行」、「現行」生「種子」、「種子」生「種子」、「現行」生「現行」。
這兩類因果雖交互相錯，但綜合在一起，便形成意識的恒轉如暴流的圖景︰既有剎那的前後生滅，又有永無窮盡的連續，既有「種子」與「現行」的意識流轉，又有二者各自相對的獨立發展。
唯識論者關於因果的學說，是他們的全部教義的核心。近人歐陽漸對於他們的繁瑣的論述甚至嘆為「俶詭陸離，不容思議」，並且說︰「設有問言唯識何事，應告之曰︰唯識事是因果事。」（《唯識講義》卷一）這樣說法，雖有誇大之嫌，但也並不是沒有根據的，因為唯識論是在八識的差別性的基礎上建立了八識的依存關係，在這種依存關係的基礎上描述了意識的恒轉，在這一具有內在的差別性與依存關係的意識之流中，概括出各種類型的因果的環鏈，在這裏，因果的環鏈也反過來集中地反映了八識的差別、依存與恒轉。通過「種子」與「現行」的範疇，執持「種子」的第八識與熏習「種子」的七種轉識的差別、依存與恒轉，在「能熏」與「所熏」的關係中得到最後的揭示︰通過熏習作用，「種子」與「現行」的遞嬗推移的意識之流又在因果關係中得到最後的揭示。所有這一切有機的聯結，我們不妨以《成唯識論》如下的一段文句作為印證︰
「阿賴耶識，為斷為常，非斷非常，以恒轉故。恒謂此識，無始時來，一類相續，常無間斷，是界趣生，施設本故。性堅持種，令不失故。轉謂此識，無始時來，念念生滅，前後變異，因滅果生，非常一故；可為轉識，熏成種故。恒言遮斷，轉表非常，猶如暴流，因果法爾。如暴流水，非斷非常，相續長時，有所漂溺；此識亦爾，從無始來，生滅相續，非常非斷，漂溺有情，令不出離。又如暴流，雖風等擊起諸波浪，而流不斷，此識亦爾，雖遇眾緣，起眼識等，而恒相續。（中略）謂此識性，無始時來，剎那剎那，果生因滅，果生故非斷，因滅故非常，非斷非常，是緣起理，故說此識恒轉如流。」（卷三）
這一段話是在形式的理論上具有合理核心的描述。在這裏，阿賴耶識本身也處於永恒的流變之中。但我們必須指出，唯識論是一種顛倒的理論，硬說各種轉識依著它不斷激起波浪，感覺、知覺以及一切思維活動都被捲入永恒流轉的意識的暴流，這就把主觀世界預為安放在完全自由的地位，而形成一種意志論。
唯識論者的因果論把因果當作意識之流的某種施設的環鏈來理解，而且把因果的環鏈放在普遍的依存與流轉的關係中來理解。（下略）
〔參考資料〕 舊譯《華嚴經》卷二十五〈十地品〉；《成實論》卷十一；《俱舍論》卷十九；《瑜伽師地論》卷二、卷二十一；《成唯識論》卷二；《順正理論》卷十二；《大日經疏》卷十、卷十七；《金剛頂瑜伽中略出念誦經》卷一；不空《仁王護國般若波羅蜜多經道場念誦儀軌》卷下；熊十力《佛家名相通釋》；印順《攝大乘論講記》、《唯識學探源》；雨曇〈唯識學上之種子義〉（《現代佛教學術叢刊》{25}）。
世親釋二卷十頁云：一切種子、復有六義。剎那滅者：謂二種子、皆生無間，定滅壞故。所以者何？不應常法為種子體。以一切時、其性如本，無差別故。言俱有者：謂非過去，亦非未來，亦非相離，得為種子。何以故？若於此時種子有；即於爾時果生故。恆隨轉應知者：謂阿賴耶識、乃至治生，外法種子、乃至根住，或乃至熟。言決定者：謂此種子、各別決定；不從一切，一切得生。從此物種，還生此物。待眾緣者：謂此種子、待自眾緣，方能生果；非一切時、能生一切。若於是處是時，遇自眾緣；即於此處此時自果得生。唯能引自果者：謂自種子、但引自果。如阿賴耶識種子，唯能引生阿賴耶識。如稻穀等、唯能引生稻穀等果。無性釋二卷十四頁云：此二種子、六種差別法差別故。剎那滅者：生已無間，即滅壞故。無有常住、得成種子。於一切時，無差別故。雖剎那滅；然非已滅。何者俱有？已滅生果、不應理故。如死雞鳴。是故應許種子與果、俱時而住。以此與果、不相違故。如蓮華根、雖復俱有；然非一二三剎那住。猶如電光。何者應知此恆隨轉？剎那轉轉、經於多時、恆隨轉故。所以者何？其根損益、枝等同故。若恆隨轉，非許少分樂為種子；何因緣故，不從一切，一切俱生？為避此難，故說決定。雖恆隨轉；以諸種子、功能定故；不從一切，一切俱生。雖爾；何故不一切時常能生果？為避此失，言待眾緣。非一切時會遇眾緣，故無過失。今此種子、是誰種子？答：此問言：唯能引自果。所言唯者，若於此時，能生自果；即於爾時，說名種子。種與有種，并無始故。由此唯言，遮相續等為種子體。如所說種子法、不相應故。要待所熏能熏相應，種與有種、其性方立。
成唯識論二卷十三頁云：然種子義、略有六種。一、剎那滅。謂體纔生，無間必滅，有勝功力，方成種子。此遮常法。常無轉變，不可說有能生用故。二、果俱有。謂與所生現行果法，俱現和合，方成種子。此遮前後、及定相離。現種異類、互不相違；一身俱時、有能生用。非如種子自類相生、前後相違，必不俱有。雖因與果，有俱不俱；而現在時，可有因用。未生、已滅、無自體故。依生現果，立種子名。不依引生自類名種。故但應說與果俱有。三、恆隨轉。謂要長時一類相續，至究竟位，方成種子。此遮轉識。轉易間斷，與種子法，不相應故。此顯種子自類相生。四、性決定。謂隨因力，生善惡等功能決定；方成種子。此遮餘部執異性因，生異性果，有因緣義。五、待眾緣。謂此要待自眾緣合，功能殊勝，方成種子。此遮外道執自然因，不待眾緣，恆頓生果。或遮餘部緣恆非無。顯所待緣，非恆有性；故種於果，非恆頓生。六、引自果。謂於別別色心等果，各各引生；方成種子。此遮外道執唯一因，生一切果。或遮餘部執色心等互為因緣。唯本識中功能差別，具斯六義，成種非餘。
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